ORFV感染OFTu细胞差异表达基因的筛选与鉴定

摘要

目的:羊传染性脓疱病是由羊传染性脓疱病毒(ORFV)感染引起绵羊、山羊等中小反刍动物以及人的一种急性、高度接触性的人兽共患传染病.但是针对ORFV致病机制的研究仍局限于阐明该病毒单个编码基因及其功能的研究策略.因此从病毒与宿主相互作用的角度入手,利用Illumina/Solexa深度测序技术从mRNA水平对正常OFTu细胞和ORFV感染后OFTu细胞的基因差异表达情况进行分析研究,得到致病相关基因,鉴定出在ORFV感染致病过程中起关键作用的靶基因,并初步阐明由其介导的调控机制.rn 方法:测定ORFV在OFTu细胞中的增殖特点以及对其超微结构进行观察，确定了感染病毒后48h和96h的OFTu细胞为Illumina/Solexa测序样品。利用TRIZOL试剂分别提取病毒感染OFTu细胞后48h和96h及正常OFTu细胞总RNA。将纯度和浓度合格的样品交予公司进行Illumina/Solexa测序。rn 结果:从ORFV感染后第48h的OFTu细胞获得1047个上调和366个下调的差异基因;从ORFV感染后第96hOFTu细胞获得1570个上调和982个下调的差异基因;之后，利用Real time PCR方法对差异基因进行了验证，所得结果与测序结果一致。对本研究筛选获得的差异基因进行Go分析发现差异基因主要与细胞代谢过程、应激反应、细胞定位和免疫反应等相关。Pathway分析发现差异基因主要与抗原递呈和加工、Jak-Stat信号通路、RIG-I样受体信号通路、Toll样受体信号通路、VEGF信号通路和凋亡反应等相关。rn 结论:该研究结果将为ORFV的致病机制尤其是病毒和宿主相互作用机制研究奠定基础，以及利用在ORFV感染致病过程中起关键调控作用的靶基因实现对病毒感染的阻断提供理论依据。