代尔夫特菌MTQ3及其tetR缺失突变株的转录组分析

摘要

为进一步阐明MTQ3拮抗的分子机制,本研究对MTQ3和MTQ3-ΔT进行了转录组测序,得到了6294个Unigene,通过在数据库中比对分析,得到了1428个差异显著的Unigene.将2个样品MTQ3和MTQ3-ΔT的序列信息同与其相似度较高的同属菌株Delftia acidovorans SPH-1和Delftia sp.Cs1-4的全基因组序列信息进行比对,进行1428个差异基因的定位,发现共有665个Unigenes在Delftia acidovorans SPH-1和Delftia sp.Cs 1-4比对中相似度均为100％,说明665个Unigenes在基因组中是比较保守的区域.根据在数据库中比对到的相关基因的功能注释,将差异显著的1428个Unigene进行了功能分类.在差显基因中发现了一些和NRPS合成相关的基因簇，并且，在Pathway的富集结果中发现MTQ3-△T的一些与CoA合成、氨基酸合成和脂肪酸合成相关基因普遍下调。所以，推测调控基因tetR直接或间接产生的拮抗物质可能为脂肤类抗生素，脂肤的肤骨架可能是经NRPS途径合成，相关基因的功能鉴定正在进一步研究中。