猪口蹄疫病毒OLZ02株基因组非编码区序列的测定及其一、二级结构分析

摘要

应用RT—PCR方法扩增并克隆了FMDV OLZ02株基因组5'端非编码区(Non Coding Region,NCR)的核苷酸序列,测序结果表明,所扩增的目的基因片段长1026nt,分别包括S、功能未知区(function unknown region,IRES)和内部核糖体进入位点(internal ribozyme entry site,IRES).同时应用3'RACE方法还扩增并克隆了OLZ02株基因组3'NCR的真实序列,测序结果表明3'NCR位于终止密码子TAA之后,长93nt,得到的Poly(A)含有47个A,用计算机软件将OLZ02株与参考毒株进行序列比较,结果显示OLZ02株5'NCR与OTY TW/97株的核苷酸同源性较高,为89.7%,而与Olcompous、A12、C1、Akesu58等参考毒株的核苷酸同源性较低,分别为77.4%、80.3%、81.0%、78.5%;同时也将OLZ02株3'NCR与参考毒株进行序列比较,结果显示OLZ029株3'NCR与OTY TW/97株的核苷酸同源性较高,为92.6%,而与O1K、O1compous、A12、C1等参考毒株的核苷酸同源性较低,其同源性分别为68.1%、71.0%、70.2%.应用计算机软件我们对0LZ02株NCR的二级结构进行了分析,并与参考毒株的二级结构进行比较,结果表明OLZ02株NCR存在支持其功能所必须的一些结构域.