基因组移位重组过程快速计算

摘要

基因组重组有三个基本操作：移位，翻转和转位。本文讨论有向基因组移位排序的快速计算方法：（1）给出有向基因组移位排序算法的实现方法。其中设计了断点图、灰边、圈、MSP 的存储结构，给出断点图初始化、准 MSP 判定、有效移位选择算法的详细实现步骤，并在移位选择算法的实现中采用了随机方法。（2）修正了原有算法中的错误。原有算法均未曾考虑到可行移位产生偶隔离带的情况，本文给出了这种情况的实例，设计新算法修正了这一错误，并通过实验验证了新算法的正确性和计算效率。