通过交互式移位-插入-删除进行基因组排序的较快算法

摘要

多染色体基因组进化问题中常见的重组事件就是移位(translocation),对此已有很多研究成果.但事实上更为普遍的情况是2个基因组包含不同基因,这需要考虑插入和删除事件.对于"通过移位-插入-删除进行基因组排序(简称SG-TID)"这个问题,此前已有一个求解移位-删除(或者移位-插入)序列的近似算法,以及求解SG-TID问题的启发式算法.在给出了移位-插入-删除距离的表达公式后,给出了在增加O(n)存储空间的条件下,O(n2)时间内求解该问题的精确算法.该算法比此前给出的算法要快.