家鸡核糖体蛋白基因RPS13的电子克隆及鉴定

摘要

为了对分离到的一肝脏组织表达的cDNA序列进行分析分析和鉴定,本研究利用电子克隆的方法,将该序列提交到Genbank的dbEST数据库,得登录号CN606328。以该序列作为起始序列,对家鸡dbEST以及nr核酸数据库进行BLAST检索,发现该序列为一未知功能的EST序列,属于UniGene数据库中Gga.8499基因簇。下载该基因簇所有序列,利用CAP3序列拼接程序获得10个基序(contig1-contig10),其中contig7为包含CN06328的基序。采用BLASTx以contig7为起始序列检索所有物种核酸蛋白数据库nr,发现该基序正向第三阅读框编码的蛋白质与人、小鼠、大鼠等物种核糖体蛋白RPS13序列完全一致,结果表明该序列为家鸡核糖体蛋白RPS13的cDNA序列。本研究采用"电子延伸"的方法,成功获得了家鸡核糖体蛋白基因RPS13的cDNA序列(NCBI登录号为AY626809),表明利用当前已有核酸数据库,能够简单而准确地对某些畜禽新基因进行电子克隆及鉴定。