猪瘟病毒基因分型寡核苷酸芯片方法的建立

摘要

根据猪瘟病毒(CSFV)E2基因序列，设计了41条针对CSFV 3个基因群共10个基因亚群各亚群特异性寡核苷酸探针。利用欧盟猪瘟诊断手册中推荐的CSFVE2基因套式RT-PCR方法，在内套PCR过程中进行Cy3-dCTP掺入荧光标记，制备芯片杂交样品。用标记的PCR产物与寡核苷酸探针阵列杂交，置于GenePix 4100A扫描仪中扫描，利用GenePix Pro 6.0软件对杂交图像进行分析。特异性和灵敏度实验显示，芯片方法与本室发表的CSFVReal-time PCR方法的灵敏度相近，芯片探针与猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪2型圆环病毒(PCV2)、猪伪狂犬病毒(PRV)样品无非特异性杂交。以包括1.1、2.1、2.2，2.3亚群的8份CSF阳性样品进行芯片的检测验证，研究结果表明，通过特异性的杂交图谱或杂交信号分析可准确判定样品所属的基因亚群，寡核苷酸芯片的检测结果与测序的分型结果全部符合.本研究为将寡核苷酸芯片技术用于猪瘟病毒的基因分型和分子流行病学研究奠定了基础。