基于短序列比对的Indel区域校正方法及系统

摘要

本发明公开了一种基于短序列比对的Indel区域校正方法及系统，本发明的校正步骤包括：读取比对结果文件确定indel区域，针对每一个indel区域依次找出突变的最小重复单元、迭代构建待处理扩展区、重构候选基因组序列，然后在比对结果文件中遍历提取构建待处理扩展区中的比对结果，针对遍历提取得到的比对结果分别将其和重构得到的候选基因组序列进行比较以判断是否能够定位到定性碱基，并根据结果对所在read行进行校正，最终读取比对结果文件并根据校正生成输出文件。本发明综合indel区域的突变检测结果对indel区域的比对结果进行校正优化，能提高检出突变频率的准确性。