鉴别柑橘单胚和多胚的共显性InDel分子标记及其应用

摘要

本发明属于柑橘基因组学领域，本发明公开了一种鉴别柑橘单胚和多胚的共显性InDel分子标记及其应用，本发明通过对107个包括橘柚橙等材料的全基因组DNA的深度重测序，获得了全基因组序列信息，并通过比较筛选获得了单多胚候选区域内的基因序列信息，筛选出与表型关联性程度最高的序列，一个6bp的InDel序列。据此，开发了一套简单、快捷且共显性的PCR标记，通过引物对CK F/R、INS F/R及DEL F/R进行PCR扩增，得到了能够鉴别柑橘单多胚的共显性InDel分子标记。最后利用该标记在115个单株的自然群体以及100个单株的杂交群体对该位点进行了验证。该标记最大的优势在于低成本、准确率高，且可以柑橘苗期实现对胚性的早期选择。