一种水稻复杂性状基因定位的方法

摘要

本发明涉及植物基因定位技术领域，特别涉及一种水稻复杂性状基因定位的方法，本申请采用目标性状差异显著的两个水稻亲本，构建F₂群体，根据表型将F₂群体分成≥3个亚群，并在每个亚群中选取表型一致的≥30个单株，提取DNA构建多个混池进行重测序，通过将每个混池的测序reads与参考基因组序列比对，利用软件GATK检测SNP，采用SNP‑index方法计算对应位点的SNP‑index和ΔSNP‑index值，绘制出ΔSNP‑index的分布图，将显著关联ΔSNP‑index对应区域为候选区域，取相同物理位置上不同ΔSNP‑index的交集对应的区域为最终候选区域，再根据基因注释网站、测序深度和ΔSNP‑index值预测出候选基因。该方法成本低、耗时短、效率高，能定位出多个候选基因，能快速缩小目标基因所在的候选区域，能准确预测出紧密连锁的目标基因数目。