基于RAD-seq开发濒危羊踯躅SSR引物的方法

摘要

本发明提供一种基于RAD‑seq开发濒危羊踯躅SSR引物的方法。本发明包括构建羊踯躅基因组文库，经双末端测序及后续处理后获得Raw Data 7.653G，过滤后的Clean data 7.513G；利用cd‑hit‑est聚类软件对含有酶识别位点的reads进行聚类，将RAD测序时Reads2捕获一致的区域聚在一起；Reads2之间最多允许3个碱基的错配，通过Reads2的序列相似性把RAD‑tag相近的reads聚集到一个类中，用VelvetOptimiser组装软件对筛选过后的每类测序数据进行局部组装，最终从中挑取最好的congtig用于SSR收索；contig过滤后共得到11,961个可用于之后设计SSR引物的SSR片段；用Primer3设计SSR引物，应用本方法成功设计了11,687对SSR引物；从中随机选取60对引物对来源于不同地理分布的6份羊踯躅DNA进行多态性检测。为羊踯躅ssR引物开发提供了新思路。