基于高通量测序数据的基因组从头组装方法

摘要

本发明提供了基于高通量测序数据的基因组从头组装方法，包括步骤：1)依据高通量测序数据构建de Bruijn图，基于纠错后的de Bruijn图进行测序数据纠错和super read组装；2)利用super read进行初级contigs组装；3)调取特定局部的初级contigs和reads，局部组装，将所有的局部组装结果合并；4)通过子图分割算法和模拟退火算法对contigs进行排序得到最终的scaffolds。本发明通过de Bruijn图纠错消除高通量测序带来的错误，提高了数据准确性；采用构建super read的方法提高测序读长，显著提升contigs长度；通过局部组装大大提升了重复序列的处理能力。