评估基因组组装完整度方法及装置

摘要

本发明公开了一种评估基因组组装完整度方法及装置，根据测序报告确定测序reads的长度和测序错误率；在基因组序列中的随机位置上产生模拟reads；根据测序错误率在模拟产生的reads上进行错误性碱基替换；对实际和模拟产生的reads逐个碱基进行一定长度短片段kmer的抽取，并比较其反向互补配对序列，取在字母表排列在前的kmer作为序列标识；根据不同标识kmer的出现频次分布，计算所有kmer的频次深度分布；根据模拟测序数据产生的kmer频次深度分布与实际测序数据产生的kmer频次深度分布来评估基因组组装完整度。本发明整体设计不依赖于其他数据库，采用简单可行的手段对基因组进行科学合理的完整性评估。