单细胞遗传结构变异的综合检测

摘要

本发明提供了一种通过整合测序读段深度、读段链方向和单倍型定相的三层信息来检测单细胞或单细胞群体的基因组内的结构变异（SV）的方法。本发明的方法可检测缺失、重复、多倍体、易位、倒位和拷贝数中性杂合性丢失（CNN‑LOH）等。本发明的方法可以充分地对基因组进行全面的核型分析，可应用于研究和临床方法。例如，本发明的方法可用于分析患者的细胞样本以进行诊断或辅助诊断，在生殖医学中用于检测胚胎异常，或在基于细胞疗法的治疗方法中用于质量控制基因工程细胞，如在过继性T细胞疗法中等。本发明的方法可进一步应用于研究中，以破译细胞模型（细胞系）、患者样本的核型，或进一步揭示导致基因组内任何SV产生的遗传和机械途径。