高杂合二倍体序列组装结果去冗余的方法、装置及其应用

摘要

本发明提供了一种高杂合二倍体序列组装结果去冗余的方法、装置及其应用。该方法包括：根据HiC数据与高杂合二倍体序列组装结果比对得到包含多重比对在内的所有比对信息的比对文件；计算contig内的HIC互作强度，进而对高杂合二倍体序列组装结果中连接错误的contig进行打断；利用打断后的连接正确的基因组、其对应的比对文件及contig间的互作强度对contig进行聚类，得到多个类群；对每个类群中的contig序列进行排序定向，得到染色体版本的基因组；保留染色体版本的基因组中同源染色体的一条，并结合未挂载的contig序列，形成最终的去除冗余序列的基因组。解决了难以去除冗余序列的问题。