一种利用RNA-seq技术构建EST-SSR标记的方法与应用

摘要

本发明涉及分子标记技术领域，尤其涉及一种利用RNA‑seq技术构建EST‑SSR标记的方法与应用，包括如下步骤：利用RNA‑seq技术，构建RNA‑seq序列文库；将RNA‑seq序列文库中获得的片段进行组装，得到转录本；利用Misa软件对原生地样本转录本进行SSR预测和鉴定，得到SSR位点；设计SSR位点的引物，得到SSR引物对；利用blast软件将SSR引物对分别与入侵地样本转录本和原生地样本转录本进行序列相似比对，得到电子模拟PCR扩增片段，筛选片段大小不一致的标记，为EST‑SSR标记，最后进行PCR实验验证，分析这些标记在紫茎泽兰群体中的遗传多态性。