一种有效鉴定鹿苑鸡种的方法及引物组合

摘要

本发明涉及家禽遗传资源、生物技术领域，具体涉及一种有效鉴定鹿苑鸡种的方法及引物组合。本发明筛选得到一组鹿苑鸡特异性遗传位点，包括SNPs位点和INDELs位点。本发明所述特异性遗传位点分布在不同染色体上，以此作为鉴定位点，提高了检测试验的准确性和柔韧性。其次，本发明首次筛选得到了可有效用于鹿苑鸡种鉴定的INDELs位点。本发明筛选所得遗传性特异位点对鹿苑鸡的鉴定率均在80％及以上。本发明所述鉴定方法可更有效地实现对鹿苑鸡的鉴定，实用强，所述方法、引物组合及试剂盒可广泛推广应用，对鹿苑鸡种的鉴定和保护具有重要的意义。

说明书

技术领域

本发明涉及家禽遗传资源、生物技术领域，具体涉及一种有效鉴定鹿苑鸡种的方法及引物组合。

背景技术

“叫化鸡”驰名中外，其正宗的做法是选用鹿苑鸡作为食材。鹿苑鸡，又名鹿苑大鸡，属兼用型鸡种，因产于江苏省沙洲县鹿苑镇而得名。近年来，在各界努力下，鹿苑鸡品牌已经小有影响。然而，由于养殖技术门槛低，以其它地方鸡种或杂交的鹿苑鸡冒充纯种鹿苑鸡时有发生，严重影响了鹿苑鸡品牌形象。因此提供一种有效鉴定鹿苑鸡种的方法是亟需的。

中国发明专利CN1055950733B公开了一种鹿苑鸡种的鉴定方法，该方法采用鹿苑鸡Z 染色体上一组特异性SNPs位点，且不同位点间的物理位置较为接近，这在一定程度上会影响鉴定结果的准确。

基于此，鹿苑鸡的鉴定需要一种更为准确、实用的方法。

发明内容

本发明主要目的是提供一种有效鉴定鹿苑鸡种的方法及引物组合。本发明在筛选得到一组鹿苑鸡特异性遗传位点的基础上，进一步对所得遗传位点进行优化筛选，筛选对鹿苑鸡鉴定率均在80％及以上的特异性位点。利用本发明筛选得到的特异性遗位点进行组合鉴定，准确性更高，所得结果更加可靠。

为实现上述目的，本发明采用以下技术方案：

本发明目的之一，用于鉴定鹿苑鸡的特异性遗传位点，其包括以下特异性遗传位点：

鹿苑_tag1位于鸡1号染色体，物理位置157669776处，基因MZT1与基因LOC112532749 之间，鹿苑鸡基因型为TT；

鹿苑_tag2位于鸡2号染色体，物理位置148438251处，基因RHPN1第1内含子，鹿苑鸡基因型为CC；

鹿苑_tag3位于鸡3号染色体，物理位置27832013处，基因LOC421419第1内含子，鹿苑鸡基因型为TGTAGA//TGTAGA，突变基因型型为缺失TGTAGA片段；

鹿苑_tag4位于鸡3号染色体，物理位置38286930处，基因RBM34第10内含子，鹿苑鸡基因型为GG；

鹿苑_tag5位于鸡4号染色体，物理位置2867220处，基因LRCH2第1内含子，鹿苑鸡基因型为GG；

鹿苑_tag6位于鸡4号染色体，物理位置17182490处，基因IL1RAPL2UTR3区域，鹿苑鸡基因型为--突变型为TT；

鹿苑_tag7位于鸡7号染色体，物理位置29865600处，基因NCKAP5第2内含子，鹿苑鸡基因型为CC；

鹿苑_tag8位于鸡8号染色体，物理位置14648688处，基因KIAA1107&BTBD8第7 内含子，鹿苑鸡基因型为AA；

鹿苑_tag9位于鸡11号染色体，物理位置3905844处，基因IRX6与基因IRX5之间，鹿苑鸡基因型为CC；

鹿苑_tag10位于鸡11号染色体，物理位置6583300处，基因ADCY7以及lncRNAUTR5区域，鹿苑鸡基因型为GG；

鹿苑_tag11位于鸡33号染色体，物理位置4702539处，基因LRP1第2内含子，鹿苑鸡基因型为AA；

鹿苑_tag12位于鸡Z染色体，物理位置55099167处，基因FSD1L第3内含子，鹿苑鸡基因型为AA。

本发明目的之二提供一种有效鉴定鹿苑鸡种的方法，利用以下任意一个或几个特异性遗传位点进行鉴定：

鹿苑_tag1位于鸡1号染色体，物理位置157669776处，基因MZT1与基因LOC112532749 之间，鹿苑鸡基因型为TT；

鹿苑_tag2位于鸡2号染色体，物理位置148438251处，基因RHPN1第1内含子，鹿苑鸡基因型为CC；

鹿苑_tag3位于鸡3号染色体，物理位置27832013处，基因LOC421419第1内含子，鹿苑鸡基因型为TGTAGA//TGTAGA，突变基因型型为缺失TGTAGA片段；

鹿苑_tag4位于鸡3号染色体，物理位置38286930处，基因RBM34第10内含子，鹿苑鸡基因型为GG；

鹿苑_tag5位于鸡4号染色体，物理位置2867220处，基因LRCH2第1内含子，鹿苑鸡基因型为GG；

鹿苑_tag6位于鸡4号染色体，物理位置17182490处，基因IL1RAPL2UTR3区域，鹿苑鸡基因型为--突变型为TT；

鹿苑_tag7位于鸡7号染色体，物理位置29865600处，基因NCKAP5第2内含子，鹿苑鸡基因型为CC；

鹿苑_tag8位于鸡8号染色体，物理位置14648688处，基因KIAA1107&BTBD8第7 内含子，鹿苑鸡基因型为AA；

鹿苑_tag9位于鸡11号染色体，物理位置3905844处，基因IRX6与基因IRX5之间，鹿苑鸡基因型为CC；

鹿苑_tag10位于鸡11号染色体，物理位置6583300处，基因ADCY7以及lncRNAUTR5区域，鹿苑鸡基因型为GG；

鹿苑_tag11位于鸡33号染色体，物理位置4702539处，基因LRP1第2内含子，鹿苑鸡基因型为AA；

鹿苑_tag12位于鸡Z染色体，物理位置55099167处，基因FSD1L第3内含子，鹿苑鸡基因型为AA。

进一步地，利用以下特异性遗传位点进行鉴定：

鹿苑_tag1位于鸡1号染色体，物理位置157669776处，基因MZT1与基因LOC112532749 之间，鹿苑鸡基因型为TT；

鹿苑_tag2位于鸡2号染色体，物理位置148438251处，基因RHPN1第1内含子，鹿苑鸡基因型为CC；

鹿苑_tag3位于鸡3号染色体，物理位置27832013处，基因LOC421419第1内含子，鹿苑鸡基因型为TGTAGA//TGTAGA，突变基因型型为缺失TGTAGA片段；

鹿苑_tag6位于鸡4号染色体，物理位置17182490处，基因IL1RAPL2UTR3区域，鹿苑鸡基因型为--突变型为TT；

鹿苑_tag9位于鸡11号染色体，物理位置3905844处，基因IRX6与基因IRX5之间，鹿苑鸡基因型为CC；

鹿苑_tag10位于鸡11号染色体，物理位置6583300处，基因ADCY7以及lncRNAUTR5区域，鹿苑鸡基因型为GG；

鹿苑_tag11位于鸡33号染色体，物理位置4702539处，基因LRP1第2内含子，鹿苑鸡基因型为AA。

本发明目的之三提供检测以上所述特异性遗传位点的引物，其包括：

用于检测所述标记鹿苑_tag1的引物鹿苑_P1f和鹿苑_P1r：

鹿苑_P1f：CTTCAGCACAACCTTCCA；

鹿苑_P1r：CTAAGTCTCCTGTAGATTCCA；

用于检测所述标记鹿苑_tag2的引物鹿苑_P2f和鹿苑_P2r：

鹿苑_P2f：GTGAGTCCAGAGGTAGCA；

鹿苑_P2r：GCAGCAGTCTTCAATCCA；

用于检测所述标记鹿苑_tag3的引物鹿苑_P3f和鹿苑_P3r：

鹿苑_P3f：GACTGTGCTGGTTGGAAG；

鹿苑_P3r：GGAGATGATGAGATGCTGAA；

用于检测所述标记鹿苑_tag4的引物鹿苑_P4f和鹿苑_P4r：

鹿苑_P4f：GTCCACAACTACCAGCATT；

鹿苑_P4r：TGTTACACCAAGTGAATCCA；

用于检测所述标记鹿苑_tag5的引物鹿苑_P5f和鹿苑_P5r：

鹿苑_P5f：GTAGCATCTGTGTAGTCTCA；

鹿苑_P5r：CTCCTCTCATAATCCTGTCAA；

用于检测所述标记鹿苑_tag6的引物鹿苑_P6f和鹿苑_P6r：

鹿苑_P6f：GCATCAGCACCTCTTCAT；

鹿苑_P6r：ACCTGGATAATTCAGCACTT；

用于检测所述标记鹿苑_tag7的引物鹿苑_P7f和鹿苑_P7r：

鹿苑_P7f：ATGAGCCTACTTGGTTGTG；

鹿苑_P7r：GTGTCGTGTCAGATACTAAGA；

用于检测所述标记鹿苑_tag8的引物鹿苑_P8f和鹿苑_P8r：

鹿苑_P8f：GAATGCTGCTTCACTTCTG；

鹿苑_P8r：TCACCACGGACAACTCTA；

用于检测所述标记鹿苑_tag9的引物鹿苑_P9f和鹿苑_P9r：

鹿苑_P9f：AGTCTCTTGTGCTAAGTTCT；

鹿苑_P9r：GAATGCTTCCTGCTACTCT；

用于检测所述标记鹿苑_tag10的引物鹿苑_P10f和鹿苑_P10r：

鹿苑_P10f：CTGAAGGTGCCAATAGACA；

鹿苑_P10r：CGTTGCGGTAAGTGAAGA；

用于检测所述标记鹿苑_tag11的引物鹿苑_P11f和鹿苑_P11r：

鹿苑_P11f：TCAGCAGGAGCACAAATG；

鹿苑_P11r：TTACGGCGATTACATCTTCT；

用于检测所述标记鹿苑_tag12的引物鹿苑_P12f和鹿苑_P12r：

鹿苑_P12f：ACAGGAGCAGGACATAGG；

鹿苑_P12r：AAGCAGACTTAGTATAGAGGAG。

本发明目的之四提供以上所述引物在鉴定鹿苑鸡种中的应用。

本发明目的之五提供一种引物组合，其包括以下所述引物对的任意一种和几种组合：

用于检测所述标记鹿苑_tag1的引物鹿苑_P1f和鹿苑_P1r：

鹿苑_P1f：CTTCAGCACAACCTTCCA；

鹿苑_P1r：CTAAGTCTCCTGTAGATTCCA；

用于检测所述标记鹿苑_tag2的引物鹿苑_P2f和鹿苑_P2r：

鹿苑_P2f：GTGAGTCCAGAGGTAGCA；

鹿苑_P2r：GCAGCAGTCTTCAATCCA；

用于检测所述标记鹿苑_tag3的引物鹿苑_P3f和鹿苑_P3r：

鹿苑_P3f：GACTGTGCTGGTTGGAAG；

鹿苑_P3r：GGAGATGATGAGATGCTGAA；

用于检测所述标记鹿苑_tag4的引物鹿苑_P4f和鹿苑_P4r：

鹿苑_P4f：GTCCACAACTACCAGCATT；

鹿苑_P4r：TGTTACACCAAGTGAATCCA；

用于检测所述标记鹿苑_tag5的引物鹿苑_P5f和鹿苑_P5r：

鹿苑_P5f：GTAGCATCTGTGTAGTCTCA；

鹿苑_P5r：CTCCTCTCATAATCCTGTCAA；

用于检测所述标记鹿苑_tag6的引物鹿苑_P6f和鹿苑_P6r：

鹿苑_P6f：GCATCAGCACCTCTTCAT；

鹿苑_P6r：ACCTGGATAATTCAGCACTT；

用于检测所述标记鹿苑_tag7的引物鹿苑_P7f和鹿苑_P7r：

鹿苑_P7f：ATGAGCCTACTTGGTTGTG；

鹿苑_P7r：GTGTCGTGTCAGATACTAAGA；

用于检测所述标记鹿苑_tag8的引物鹿苑_P8f和鹿苑_P8r：

鹿苑_P8f：GAATGCTGCTTCACTTCTG；

鹿苑_P8r：TCACCACGGACAACTCTA；

用于检测所述标记鹿苑_tag9的引物鹿苑_P9f和鹿苑_P9r：

鹿苑_P9f：AGTCTCTTGTGCTAAGTTCT；

鹿苑_P9r：GAATGCTTCCTGCTACTCT；

用于检测所述标记鹿苑_tag10的引物鹿苑_P10f和鹿苑_P10r：

鹿苑_P10f：CTGAAGGTGCCAATAGACA；

鹿苑_P10r：CGTTGCGGTAAGTGAAGA；

用于检测所述标记鹿苑_tag11的引物鹿苑_P11f和鹿苑_P11r：

鹿苑_P11f：TCAGCAGGAGCACAAATG；

鹿苑_P11r：TTACGGCGATTACATCTTCT；

用于检测所述标记鹿苑_tag12的引物鹿苑_P12f和鹿苑_P12r：

鹿苑_P12f：ACAGGAGCAGGACATAGG；

鹿苑_P12r：AAGCAGACTTAGTATAGAGGAG。

进一步地，所述引物组合由以下引物对组成：鹿苑_P1f和鹿苑_P1r；鹿苑_P2f和鹿苑 _P2r；鹿苑_P3f和鹿苑_P3r；鹿苑_P6f和鹿苑_P6r；鹿苑_P9f和鹿苑_P9r；鹿苑_P10f和鹿苑_P10r；鹿苑_P11f和鹿苑_P11r。

本发明目的之六提供以上所述引物组合在鉴定鹿苑鸡种中的应用。

本发明目的之七提供一种包括以上所述引物组合的试剂盒。

本发明目的之八提供以上所述试剂盒在鉴定鹿苑鸡种中的应用。

与现有技术相比，本发明具有以下优势：

本发明筛选得到一组鹿苑鸡特异性遗传位点，包括SNPs位点和INDELs位点。本发明所述特异性遗传位点分布在不同染色体上，以此作为鉴定位点，提高了检测试验的准确性和柔韧性。其次，本发明首次筛选得到了可有效用于鹿苑鸡种鉴定的INDELs位点。

目前，对于生物特异性遗传位点的筛选往往通过软件分析获得具有特异性的位点，而本发明筛选所得特异性位点是通过对鹿苑鸡及其它12个地方鸡种进行简化基因组测序，经过系统进化树构建、混群分析、Mantel测试、最小等位基因频率-连锁不平衡分析，初步筛选获得具有鹿苑鸡特异性的遗传位点。然后，通过标记组合优化、PCR引物设计与验证、大群体验证，在此基础上获得了本发明所述鹿苑鸡品特异性遗传位点及组合。筛选所得遗传性特异位点对鹿苑鸡的鉴定率均在80％及以上。

本发明所述鉴定方法可更有效地实现对鹿苑鸡的鉴定，实用强，所述方法、引物组合及试剂盒可广泛推广应用，对鹿苑鸡种的鉴定和保护具有重要的意义。

附图说明

构成本发明的一部分的说明书附图用来提供对本发明的进一步理解，本发明的示意性实施例及其说明用于解释本发明，并不构成对本发明的不当限定。

图1为基于约束最大似然法构建的地方鸡种系统进化树。

具体实施方式

应该指出，以下详细说明都是示例性的，旨在对本发明提供进一步的说明。除非另有指明，本文使用的所有技术和科学术语具有与本发明所属技术领域的普通技术人员通常理解的相同含义。

需要注意的是，这里所使用的术语仅是为了描述具体实施方式，而非意图限制根据本发明的示例性实施方式。如在这里所使用的，除非上下文另外明确指出，否则单数形式也意图包括复数形式，此外，还应当理解的是，当在本说明书中使用术语“包含”和/或“包括”时，其指明存在特征、步骤、操作和/或它们的组合。

为了使得本领域技术人员能够更加清楚地了解本发明的技术方案，以下将结合具体的实施例详细说明本发明的技术方案。

述实施例中所使用的实验方法如无特殊说明，均为常规方法。实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。

实施例1简化基因组测序筛选鹿苑鸡种特异性SNPs/INDELs标记

(一)

供试样本:包括鹿苑鸡(20只)、济宁百日鸡(20只)、琅琊鸡(20只)、寿光鸡(20只)、汶上芦花鸡(20只)、如皋黄鸡(20只)、狼山鸡(20只)、太湖鸡(20只)、溧阳鸡(20只)、徐海鸡(20只)、龙胜凤鸡(20只)、闽清毛脚鸡(20只)、淮北麻鸡(20只)，每个品种公母各半。翅静脉采血0.5-1.0ml，置入抗凝管，-70℃保存。

采用CTAB方法提取基因组DNA，以限制性内切酶EcoRI和NIaIII对基因组DNA进行酶切，然后加上测序接头，构建小片段文库，进行GBS简化基因组测序。

为了检查酶切的效率，便于后续序列分析，进行了染色体电子酶切评估。为了保证数据质量，对原始序列进行更严格的过滤：去除含有接头序列的读长；去除未知碱基比例大于10％的读长；去除低质量读长(Q值低于10的碱基占比高于50％以上)。龙胜凤鸡1个体因质控不合格，将其从测序数据中剔除。

为分析不同构建方法对系统进化树拓扑形状的影响，研究以地方鸡种简化基因组测序数据为对象，应用软件包IQ-tree、MrBayes构建系统进化树，所得进化树如图1所示。

以最小等位基因频率-连锁不平衡方法分析259个地方鸡简化基因组序列，筛选得到17个鹿苑鸡品种特异性分子标记。17个SNPs/INDELs位点的物理位置是基于鸡全基因组参考序列比对确定的，所述鸡全基因组标准序列的版本号为(Gallus gallus GRCg6)。鹿苑鸡品种特异性SNPs/INDELs标记具体如下:

鹿苑_tag1位于鸡1号染色体，物理位置157669776处，基因MZT1与基因LOC112532749之间，鹿苑鸡基因型为TT；

鹿苑_tag2位于鸡2号染色体，物理位置148438251处，基因RHPN1第1内含子，鹿苑鸡基因型为CC；

鹿苑_tag3位于鸡3号染色体，物理位置27832013处，基因LOC421419第1内含子，鹿苑鸡基因型为TGTAGA//TGTAGA，突变基因型型为缺失TGTAGA片段；

鹿苑_tag4位于鸡3号染色体，物理位置38286930处，基因RBM34第10内含子，鹿苑鸡基因型为GG；

鹿苑_tag5位于鸡4号染色体，物理位置2867220处，基因LRCH2第1内含子，鹿苑鸡基因型为GG；

鹿苑_tag6位于鸡4号染色体，物理位置17182490处，基因IL1RAPL2UTR3区域，鹿苑鸡基因型为--突变型为TT；

鹿苑_tag7位于鸡7号染色体，物理位置29865600处，基因NCKAP5第2内含子，鹿苑鸡基因型为CC；

鹿苑_tag8位于鸡8号染色体，物理位置14648688处，基因KIAA1107&BTBD8第7内含子，鹿苑鸡基因型为AA；

鹿苑_tag9位于鸡11号染色体，物理位置3905844处，基因IRX6与基因IRX5之间，鹿苑鸡基因型为CC；

鹿苑_tag10位于鸡11号染色体，物理位置6583300处，基因ADCY7以及lncRNAUTR5区域，鹿苑鸡基因型为GG；

鹿苑_tag11位于鸡33号染色体，物理位置4702539处，基因LRP1第2内含子，鹿苑鸡基因型为AA；

鹿苑_tag12位于鸡Z染色体，物理位置55099167处，基因FSD1L第3内含子，鹿苑鸡基因型为AA；

Tag5_3位于鸡5号染色体46648771处，基因GSKIP的UTR3区域，鹿苑鸡基因型为GG；

Tag9_2位于9号染色体10221459处，TRIP12基因第1内含子，鹿苑鸡基因型为CC；

Tag13_1位于13号染色体14469791处，ADAMTS2基因第4内含子，鹿苑鸡基因型为AA；

Tag28_1位于28号染色体3340013处，THOP1基因第2内含子，鹿苑鸡基因型为TT；

TagZ_2位于鸡Z染色体80054278处，基因ZNF608与LOC112530693之间，鹿苑鸡基因型为GG。

鹿苑_tag3、鹿苑_tag6为特异性INDELs位点，其它均为SNPs位点。

检测以上所述特异性遗传位点的引物：

用于检测所述标记鹿苑_tag1的引物鹿苑_P1f和鹿苑_P1r；

用于检测所述标记鹿苑_tag2的引物鹿苑_P2f和鹿苑_P2r；

用于检测所述标记鹿苑_tag3的引物鹿苑_P3f和鹿苑_P3r；

用于检测所述标记鹿苑_tag4的引物鹿苑_P4f和鹿苑_P4r；

用于检测所述标记鹿苑_tag5的引物鹿苑_P5f和鹿苑_P5r；

用于检测所述标记鹿苑_tag6的引物鹿苑_P6f和鹿苑_P6r；

用于检测所述标记鹿苑_tag7的引物鹿苑_P7f和鹿苑_P7r；

用于检测所述标记鹿苑_tag8的引物鹿苑_P8f和鹿苑_P8r；

用于检测所述标记鹿苑_tag9的引物鹿苑_P9f和鹿苑_P9r；

用于检测所述标记鹿苑_tag10的引物鹿苑_P10f和鹿苑_P10r；

用于检测所述标记鹿苑_tag11的引物鹿苑_P11f和鹿苑_P11r；

用于检测所述标记鹿苑_tag12的引物鹿苑_P12f和鹿苑_P12r；

用于检测所述标记Tag5_3的引物Tag_P5_3f和Tag_P5_3r；

用于检测所述标记Tag9_2的引物Tag_P9_2f和Tag_P9_2r；

用于检测所述标记Tag13_1的引物Tag_P13_1f和Tag_P13_1r；

用于检测所述标记Tag28_1的引物Tag_P28_1f和Tag_P28_1r；

用于检测所述标记TagZ_2的引物Tag_PZ_2f和Tag_PZ_2r；

各引物序列、长度，扩增片段长度及退火温度如下表1所示。

表1.检测鹿苑鸡品种特异性标记所用扩增引物

(二)

应用上述筛选得到的17个标记对20份鹿苑鸡血样和360份非鹿苑鸡血样进行鉴定。具体操作步骤如下：

以CTAB法提取380份血液样品基因组DNA，经紫外分光光度计检测、琼脂糖电泳检测合格后进行PCR扩增。

PCR扩增过程：

1)反应体系:10μl体系包括鉴定材料DNA模板50ng，正、反向引物各l0ng，5μL 2×power Taq MasterMix，剩余体积用超纯水补足

2)反应程序：首先94℃变性30s,退火30s,72℃延伸30s，共5个循环；接着94℃变性30s,50.7-58.1℃退火30s,72摄氏度延伸30s，共30个循环；72℃延伸5min,4℃保存。

扩增产物送至测序公司进行序列检测。对于INDELs标记，也可选择毛细管电泳检测片段扩增长度，作为基因分型结果。各特异性遗传位点的鉴定结果如表2所示。

表2.鹿苑鸡品种特异性标记鉴定率

由上述表2可知，鹿苑_tag1-12所述遗传特异性位点对鹿苑鸡的鉴定率均在80％及以上，其中鹿苑_tag2位点的鉴定率可达100％；而筛选所得Tag5_3、Tag9_2、Tag13_1、Tag28_1、 TagZ_2位点对鹿苑鸡的鉴定率均低于80％而淘汰。依据表2所示验证结果，本发明所述各特异性位点均可很好地用于鹿苑鸡的鉴定。

实施例2一种有效鉴定鹿苑鸡的方法

所述方法包括，采用以下特异性遗传位点进行鉴定：

鹿苑_tag1位于鸡1号染色体，物理位置157669776处，基因MZT1与基因LOC112532749之间，鹿苑鸡基因型为TT；

鹿苑_tag2位于鸡2号染色体，物理位置148438251处，基因RHPN1第1内含子，鹿苑鸡基因型为CC；

鹿苑_tag3位于鸡3号染色体，物理位置27832013处，基因LOC421419第1内含子，鹿苑鸡基因型为TGTAGA//TGTAGA，突变基因型型为缺失TGTAGA片段；

鹿苑_tag4位于鸡3号染色体，物理位置38286930处，基因RBM34第10内含子，鹿苑鸡基因型为GG；

鹿苑_tag5位于鸡4号染色体，物理位置2867220处，基因LRCH2第1内含子，鹿苑鸡基因型为GG；

鹿苑_tag6位于鸡4号染色体，物理位置17182490处，基因IL1RAPL2UTR3区域，鹿苑鸡基因型为--突变型为TT；

鹿苑_tag7位于鸡7号染色体，物理位置29865600处，基因NCKAP5第2内含子，鹿苑鸡基因型为CC；

鹿苑_tag8位于鸡8号染色体，物理位置14648688处，基因KIAA1107&BTBD8第7内含子，鹿苑鸡基因型为AA；

鹿苑_tag9位于鸡11号染色体，物理位置3905844处，基因IRX6与基因IRX5之间，鹿苑鸡基因型为CC；

鹿苑_tag10位于鸡11号染色体，物理位置6583300处，基因ADCY7以及lncRNAUTR5区域，鹿苑鸡基因型为GG；

鹿苑_tag11位于鸡33号染色体，物理位置4702539处，基因LRP1第2内含子，鹿苑鸡基因型为AA；

鹿苑_tag12位于鸡Z染色体，物理位置55099167处，基因FSD1L第3内含子，鹿苑鸡基因型为AA；若待测鸡种具有以上所述特异性位点且基因型于鹿苑鸡相同则该鸡种为鹿苑鸡。

实施例3一种有效鉴定鹿苑鸡的方法

所述方法包括，采用以下特异性遗传位点进行鉴定：鹿苑_tag1位于鸡1号染色体，物理位置157669776处，基因MZT1与基因LOC112532749之间，鹿苑鸡基因型为TT；

鹿苑_tag2位于鸡2号染色体，物理位置148438251处，基因RHPN1第1内含子，鹿苑鸡基因型为CC；

鹿苑_tag3位于鸡3号染色体，物理位置27832013处，基因LOC421419第1内含子，鹿苑鸡基因型为TGTAGA//TGTAGA，突变基因型型为缺失TGTAGA片段；

鹿苑_tag6位于鸡4号染色体，物理位置17182490处，基因IL1RAPL2UTR3区域，鹿苑鸡基因型为--突变型为TT；

鹿苑_tag9位于鸡11号染色体，物理位置3905844处，基因IRX6与基因IRX5之间，鹿苑鸡基因型为CC；

鹿苑_tag10位于鸡11号染色体，物理位置6583300处，基因ADCY7以及lncRNAUTR5区域，鹿苑鸡基因型为GG；

鹿苑_tag11位于鸡33号染色体，物理位置4702539处，基因LRP1第2内含子，鹿苑鸡基因型为AA；若待测鸡种具有以上所述特异性位点且基因型于鹿苑鸡相同则该鸡种为鹿苑鸡。

实施例4一种引物组合

所述引物组合由以下引物对组成：鹿苑_P1f和鹿苑_P1r；鹿苑_P2f和鹿苑_P2r；鹿苑 _P3f和鹿苑_P3r；鹿苑_P6f和鹿苑_P6r；鹿苑_P9f和鹿苑_P9r；鹿苑_P10f和鹿苑_P10r；鹿苑_P11f和鹿苑_P11r。

所述引物组合可用于鹿苑鸡种的鉴定，也可用于制备鉴定鹿苑鸡种的试剂盒。

上述实施例为本发明较佳的实施方式，但本发明的实施方式并不受上述实施例的限制，其他的任何未背离本发明的精神实质与原理下所作的改变、修饰、替代、组合、简化，均应为等效的置换方式，都包含在本发明的保护范围之内。