一种基于宏基因组数据分析微生物群体感应效应的方法

摘要

一种基于宏基因组数据分析微生物群体感应效应的方法，包括：在第一数据库和第二数据库中获取序列；将序列合并得到合并数据集；对合并数据集分类得到结构化数据集；对结构化数据集进行聚类分析，去除冗余序列；检查数据集中序列的注释，去除非群体感应基因序列；基于序列比对及系统发育学分析方法对数据集进行自校验，去除非群体感应基因序列；确定群体感应基因的保守性结构域或基元序列；检查保守性结构域或基元序列，去除不含保守性结构域或基元序列的序列；整合所有序列，构建群体感应基因数据库；将宏基因组数据在群体感应基因数据库中比对，获取群体感应基因并计算丰度；对群体感应基因进行宿主溯源分析，以确定其在分类学水平上的宿主。