一种基因序列比对方法、PE配置控制器及可读存储介质

摘要

本发明实施例公开了一种基因序列比对方法、PE配置控制器及计算机可读存储介质。其中，方法包括选取PE阵列中数量值与第一碱基序列、第二碱基序列和第三碱基序列的长度值分别相同的目标PE阵列，并根据第一碱基序列的长度值为第二类目标PE阵列和第三类目标PE阵列设置多路选择器的节点位置；依次比较当前种子序列的待扩展长度值和第一碱基序列、第二碱基序列和第三碱基序列之间的长度值大小关系，将当前种子序列发送至满足长度差值条件的目标PE阵列中进行扩展。本申请通过设置可变逻辑长度和物理长度的脉动阵列，根据种子序列的待扩展长度值选择PE数量合适的目标PE阵列进行扩展，提高了FPGA的资源利用率，提升了Smith‑Waterman序列比对算法打分阶段的处理性能。