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一种利用文本比对分析高通量测序基因表达水平的方法

摘要

本发明属于生物信息学领域,提供了一种分析高通量测序序列基因表达量的方法,首先对测序序列进行编码、打散、随机组合,选取其中10万条序列作为查询序列分别与100万条序列进行比对,从每个查询序列随机选取9组20mer比对100万条序列去重后获得该序列的转录数量。利用查询序列首尾20mer从匹配的比对重叠群进行拼接。合并所有查询序列组比对表达数量即得到了该拼接序列的表达量,与用互补链进行比对得到的负链表达量相当。本方法可以有效用于高通量测序基因表达量及进行序列从头组装等分析。

著录项

  • 公开/公告号CN108388772A

    专利类型发明专利

  • 公开/公告日2018-08-10

    原文格式PDF

  • 申请/专利权人 佛山科学技术学院;

    申请/专利号CN201810075940.5

  • 发明设计人 宋东光;

    申请日2018-01-26

  • 分类号

  • 代理机构广东广信君达律师事务所;

  • 代理人杨晓松

  • 地址 528000 广东省佛山市南海区狮山镇仙溪水库西路佛山科学技术学院

  • 入库时间 2023-06-19 06:33:14

法律信息

  • 法律状态公告日

    法律状态信息

    法律状态

  • 2018-09-04

    实质审查的生效 IPC(主分类):G06F19/22 申请日:20180126

    实质审查的生效

  • 2018-08-10

    公开

    公开

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