一种基于种群拥挤度识别的差分进化蛋白质结构预测方法

摘要

一种基于种群拥挤度识别的差分进化蛋白质结构预测方法，在差分进化算法(DE)的框架下，首先，对输入的查询序列进行随机片段组装，生成具有多样化折叠类型的初始构象种群；然后，依次选取种群中的个体作为目标个体，随机选取和目标个体不一样的两个个体进行变异、交叉生成测试个体，根据Rosetta Score3能量函数选取能量较低的个体更新种群；之后，依次对种群中每个个体进行种群相似度比较，根据种群拥挤度因子对拥挤的种群进行变异操作提高种群多样性；在多样性种群个体的指导下避免了算法陷入局部最优，提高了采样效率，预测得到精度更高的诱导构象；在种群拥挤度识别差分进化的指导下，通过不断更新种群获得一系列亚稳态构象。