找到与肿瘤相关的lncRNA并预测其功能

摘要

本文是找到与肿瘤相关的lncRNA并预测其功能。我们把lncRNA在肿瘤中的差异表达作为诊断的参考，找出lncRNA与肿瘤之间的关系。第一步，从GEO数据库中下载数据，对其处理后得到外显子和部分lncRNA的表达数据。第二步，对处理好的表达数据进行差异表达分析。第三步，对差异表达的lncRNA分析与它共表达且差异的编码基因和lncRNA。第四步，将编码基因进行探针平台注释。第五步，对差异表达lncRNA进一步筛选，选出最显著差异的lncRNA。第六步，进行富集分析，得到GO BP过程和pathway。通过编码基因所涉及的生物过程来推测lncRNA的功能。第七步，对上一步得到的公共编码基因，分析是否可入血液、唾液和尿液，对可以进入的基因进行分析，这些基因和lncRNA就可以作为癌症的一个潜在的预测标记。