公开/公告号CN104561373A
专利类型发明专利
公开/公告日2015-04-29
原文格式PDF
申请/专利权人 中国检验检疫科学研究院;
申请/专利号CN201410773825.7
申请日2014-12-12
分类号C12Q1/70;C12Q1/68;C12N15/11;
代理机构北京路浩知识产权代理有限公司;
代理人王文君
地址 100176 北京市朝阳区惠新里241号109
入库时间 2023-12-18 08:30:18
法律状态公告日
法律状态信息
法律状态
2017-01-18
授权
授权
2015-05-27
实质审查的生效 IPC(主分类):C12Q1/70 申请日:20141212
实质审查的生效
2015-04-29
公开
公开
技术领域
本发明涉及分子生物学领域,特别是涉及用于检测金鱼造血器 官坏死病病毒的荧光定量PCR引物和探针,本发明还涉及利用该引 物和探针进行金鱼造血器官坏死病病毒检测的方法和试剂盒。
背景技术
金鱼造血器官坏死病病毒(goldfish haematopoietic necrosis virus, GFHNV),也称为鲤疱疹病毒-2(cyprinid herpesvirus 2,CyHV-2), 是金鱼造血器官坏死病(goldfish haematopoietic necrosis,GFHN)的 病原,是一种感染金鱼(Carassius auratus)、鲫(Carassius auratus) 及其变种的高致病性双链DNA病毒。该病毒曾在日本、澳大利亚、新 西兰、英国、匈牙利及我国台湾爆发疫病,发病金鱼死亡率可达100%。
目前,国内外缺乏对GFHNV敏感的细胞系以及抗GFHNV的抗体, 因此无法使用病毒分离和免疫学方法检测该病毒。对该病毒的检测方 法的研究主要集中于建立分子生物学检测方法检测病毒核酸,包括 PCR方法、荧光定量PCR方法和环介导等温扩增技术(LAMP)检测方 法。
目前报道的针对GFHNV的PCR检测方法,其检测限低于荧光定 量PCR检测方法和LAMP检测方法,而且需要对扩增产物进行凝胶电 泳才能观察结果,易造成溴化乙锭污染;LAMP检测方法如果反应时 间过长,容易产生假阳性,且由于产物过多,也容易造成核酸污染; 目前报道的某些荧光定量PCR检测方法不稳定,检测结果有时会产生 假阴性。
发明内容
本发明的目的在于提供用于检测金鱼造血器官坏死病病毒的特 异性引物和探针。
本发明的另一个目的在于提供检测金鱼造血器官坏死病病毒的 荧光定量PCR方法及其试剂盒。
为实现上述目的,本发明对已知金鱼造血器官坏死病病毒特异 基因的DNA序列进行比对,筛选出金鱼造血器官坏死病病毒基因的 特异序列,即GFHNV主衣壳蛋白(MCP)基因中一段保守序列 (2307-2464),其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。
本发明提供用于检测金鱼造血器官坏死病病毒上述特异序列的 引物,以及与所述引物配合使用的荧光探针。其中,探针5’标记荧光 基团FAM,3’标记TAMRAN。该特异引物扩增产物的核苷酸序列如 SEQ ID NO.1所示。
在本发明的一个实施方式中,优选的引物序列为:
上游引物:CAAACCCAGCACCGTCAGATGGT(SEQ ID NO.2)
下游引物:ATCCGGCACAGGTGGCGTGT(SEQ ID NO.3)。
荧光探针序列为:
5’-FAM-TTGGATCTGCTGCGCCCTGTTTGACAG-TAMRAN (SEQ ID NO.4)。
本发明提供了上述引物和荧光探针在制备检测金鱼造血器官坏 死病病毒试剂盒中的应用。
本发明提供一种金鱼造血器官坏死病病毒的实时荧光定量PCR 检测方法,包括以样品总DNA为模板,利用本发明提供的引物和探 针进行实时荧光定量PCR,同时设立无模板对照和阳性对照,根据 扩增曲线判定结果。
本发明的实时荧光定量PCR扩增反应体系,当为25μL反应体 系时,其优选配置为:
本发明的实时荧光定量PCR的反应程序为:95℃预变性3min, 1个循环;95℃变性30s,55~65℃退火30s,40个循环。
本发明优选的实时荧光定量PCR的反应程序为:95℃预变性 3min,1个循环;95℃变性30s,59℃退火30s,40个循环。
本发明每次检测标本时须设立阴性对照和阳性对照,在检测中两 种对照为有效扩增时,样本结果判断标准如下:
Ct值≤38.0时样品结果为阳性;Ct值>38.0的样品结果为阴性。
本发明提供了一种用于金鱼造血器官坏死病病毒检测的试剂盒, 其包括上述能特异地扩增出如SEQ ID NO.1所示核苷酸序列或其特异 性片段的引物以及配合引物使用的Taqman探针。
本发明试剂盒的所用引物序列为:
上游引物:CAAACCCAGCACCGTCAGATGGT(SEQ ID NO.2)
下游引物:ATCCGGCACAGGTGGCGTGT(SEQ ID NO.3)。
荧光探针序列为:
5’-FAM-TTGGATCTGCTGCGCCCTGTTTGACAG-TAMRAN (SEQ ID NO.4)。
本发明提供的试剂盒,还包括DNA裂解液,荧光定量反应液, 阴性模板和阳性模板,所述阴性模板为双蒸水,所述阳性模板为金 鱼造血器官坏死病病毒基因组DNA。
本发明提供了用于检测金鱼造血器官坏死病病毒的特异性引物 和探针,建立了检测金鱼造血器官坏死病病毒的荧光定量PCR方法, 具有很高的检测灵敏度,可以检测到100个拷贝的金鱼造血器官坏 死病病毒DNA;该方法特异性强,其重复性好,可作为检测临床标 本的手段,提高金鱼造血器官坏死病病毒检测的阳性率,操作简单, 检测过程仅需90分钟,大大缩短检测周期,检测结果使用荧光定量 PCR仪直接观察,不存在溴化乙锭污染的问题。本发明提供的检测 试剂盒,其反应体系包含了上述引物、探针和阴性、阳性对照,该 试剂盒的推广应用将为防治和监测金鱼造血器官坏死病病毒病提供 技术支持。
附图说明
图1为金鱼造血器官坏死病病毒荧光定量PCR特异性评价,图 中曲线为金鱼造血器官坏死病病毒的反应曲线;
图2为金鱼造血器官坏死病病毒荧光定量PCR检测限测定(1), 图中4-10号曲线,分别依次对应DNA模板量为104拷贝-1010拷贝 的反应体系扩增出的反应曲线。
图3为金鱼造血器官坏死病病毒荧光定量PCR标准曲线(1)
图4为金鱼造血器官坏死病病毒荧光定量PCR检测限测定(2), 图中1-5号曲线,分别依次对应DNA模板量为101拷贝-105拷贝的 反应体系扩增出的反应曲线。
图5为金鱼造血器官坏死病病毒荧光定量PCR标准曲线(2)
具体实施方式
以下实施例进一步说明本发明的内容,但不应理解为对本发明 的限制。在不背离本发明精神和实质的情况下,对本发明方法、步 骤或条件所作的修改或替换,均属于本发明的范围。
若未特别指明,实施例中所用的技术手段为本领域技术人员所 熟知的常规手段。
实施例1金鱼造血器官坏死病病毒特异性引物和探针的设计
对已知金鱼造血器官坏死病病毒特异基因的DNA序列进行比 对,筛选出金鱼造血器官坏死病病毒基因的特异序列,即GFHNV 主衣壳蛋白(MCP)基因中一段保守序列(2307-2464),其核苷酸 序列如SEQ ID NO.1所示。设计引物与探针时,注意避开序列的突 变点,经反复筛选和验证,得到一对用于检测金鱼造血器官坏死病 病毒的荧光定量PCR引物和与引物配合使用的探针,
上游引物:CAAACCCAGCACCGTCAGATGGT(SEQ ID NO.2)
下游引物:ATCCGGCACAGGTGGCGTGT(SEQ ID NO.3)。
荧光探针序列为:
5’-FAM-TTGGATCTGCTGCGCCCTGTTTGACAG-TAMRAN (SEQ ID NO.4)。
实施例2检测金鱼造血器官坏死病病毒的荧光定量PCR检测方法 的建立
1、作为阳性对照的重组质粒构建。
将目的基因连接入T载体,连接产物转化入大肠杆菌DH5α感受 态细胞,通过蓝白斑技术筛选重组质粒。使用商业化质粒提纯试剂盒 提纯重组质粒。
每组样品都设立1个阳性对照样品和阴性对照样品。阳性对照样品 为上述重组质粒;阴性对照样品为去离子水。
2、根据Ct值和荧光信号的强弱来判断优化条件,把最佳的条 件组合起来作为最终的优化体系。
退火温度从55℃~65℃之间进行优化;mg2+浓度在1.5~5mM之 间进行优化;dNTPs浓度在2~5.8mM之间进行优化。最终确定的金 鱼造血器官坏死病病毒荧光定量25μL PCR反应体系见表1:
表1 金鱼造血器官坏死病病毒荧光定量PCR反应体系
3、实时荧光定量PCR反应条件
同时设立无模板对照和阳性对照,根据扩增曲线判定结果。
4、反应结束后,根据荧光定量PCR仪显示图片判断检测结果:
阴性样品没有扩增曲线出现,阳性样品有明显扩增曲线,且Ct 值小于25。此时阴性对照和阳性对照都成立,可以对待测样品起对照 作用;若待测样品扩增曲线Ct值小于或等于38,则说明样品为GFHNV 核酸阳性;若待测样品无扩增曲线,或扩增曲线Ct值大于38,则样品 为GFHNV核酸阴性。
实施例3金鱼造血器官坏死病病毒荧光定量PCR检测方法的特性 评价
1、灵敏度评价,灵敏度即real-time PCR的最低检测限。
阳性参考DNA原液浓度为1010copies/μL。先将其10倍梯度稀 释至10copies/μL,再分别以每个稀释度的溶液为模板,采用本发 明实施例2建立的荧光定量PCR方法进行扩增,确定该方法最低可 以检测到的模板量。根据检测结果,该荧光定量PCR方法最低可检 测到100个拷贝的DNA模板。
2、特异度评价。
采用本发明实施例2建立的荧光定量PCR方法,对金鱼造血器 官坏死病毒、锦鲤疱疹病毒(KHV)、传染性造血器官坏死病毒 (EHNV)、中华鳖虹彩病毒(STIV)、斑点叉尾鮰病毒(CCV)和 对虾白斑病病毒(WSSV)等水产病毒进行检测,结果见图1。图1 显示只有GFHNV样品(箭头所指)有曲线,其他病毒DNA无曲线, 说明本发明方法对KHV、EHNV、STIV、CCV和WSSV无交叉反 应,对金鱼造血器官坏死病病毒检测结果呈现阳性。说明本发明方 法具有优异的特异性。
实施例4检测金鱼造血器官坏死病病毒的临床应用
1、待捡样品DNA的提取
待检的病金鱼,取肝、脾、肾、脑和鳃。
将鱼组织混合,研磨成糊状后,使用酚氯仿或商业化组织DNA 提取试剂盒,提取样品总DNA。
将提取的总DNA作为模板,使用本发明实施例2的GFHNV荧光定 量PCR检测方法检测是否感染GFHNV。
2、采用传统的PCR方法检测GFHNV对上述待检样品进行验证。 引物序列:上游引物:CCCAGCAACATGTGCGACGG;下游引物: CCGTARTGAGAGTTGGCGCA;目的基因长度362bp。
结果显示该传统方法的检测结果与本发明实施例2建立的 GFHNV荧光定量PCR检测方法检测的阳性结果与阴性结果均相一 致,说明本发明建立的GFHNV荧光定量PCR检测方法具有较高准确 率。
虽然,上文中已经用一般性说明及具体实施方案对本发明作了 详尽的描述,但在本发明基础上,可以对之作一些修改或改进,这 对本领域技术人员而言是显而易见的。因此,在不偏离本发明精神 的基础上所做的这些修改或改进,均属于本发明要求保护的范围。
机译: LAMPLoop介导的等温扩增PCR早期死亡综合征EMS急性肝胰腺坏死病AHPND引物组,用于使用LAMP方法检测方法检测急性肝胰腺坏死病和使用该试剂盒的检测试剂盒
机译: 在水生动物中检测传染性胰腺坏死病毒变体的方法,相关的检测试剂盒和该方法在水生动物中的应用
机译: 检测人类艾滋病病毒的方法;艾滋病住房病毒的结构蛋白;和检测试剂盒在贸易管理中可用于检测传染性疾病