白念珠菌致病相关基因SFL2及其用途

摘要

本发明涉及白念珠菌致病相关基因SFL2及其用途。具体而言，本发明涉及白念珠菌致病相关基因SFL2在用于筛选抑制念珠菌菌丝生长的药物或筛选用于预防或治疗念珠菌病用的药物中的用途，以及在制备治疗念珠菌病用的药物中的用途。

说明书

技术领域

本发明属于白念珠菌菌丝生长调控基因领域。具体而言，本发明涉及白念珠菌致病相关基因SFL2及其用途。

背景技术

白念珠菌是一种机会型致病真菌，在大部分健康人体的胃肠道内以及口腔粘膜表面都有寄生。在健康人体中，白念珠菌通常不具有致病性；但在免疫系统受损或抑制的人体中，白念珠菌可能引起严重的念珠菌病，导致浅部感染如鹅口疮、阴道炎等，也可以侵入表皮和内皮细胞进入血液到达内脏器官如肾脏、脑部等，导致败血症，甚至可以导致死亡(Klepser，2006，Pharmacotherapy，26：68S-75S；Sudbery et al.，2004，Trends Microbiol，12：317-324)。在美国，念珠菌属在医院的血液感染中居第四位，估计每年花费的治疗费用超过20到40亿美元(Wilsonet al.，2002，Value Health，5：26-34)，而其引起的致死率估计在38％到49％之间(Gudlaugsson et al.，2003，Clin Infect Dis，37：1172-1177)。在癌症病人中报道的各种侵入性真菌感染中，念珠菌病是最常见的感染(58％-69％)(Rosenet al.，2005，J Pediatr Hematol Oncol，27；135-140；Wang et al.，2005，ActaPaediatr Taiwan，46：149-155.)，而其中占大部分的是白念珠菌。白念珠菌可以以单细胞的酵母态(yeast form)，以及丝状的假菌丝(pseudohyphae)和真菌丝(hyphae)形态进行生长(Berman，2006，Curr Opin Microbiol，9：595-601.)。在不同的生长形态之间可以进行相互转换，而这种转换能力是白念珠菌致病性的重要决定因素之一，形态转换有缺陷的菌株其系统感染能力下降或消失(Lo，H.J.etal，1997.Cell.90：939-949；Braun，B.R.et al.2001.EMBO J.20：4753-61；Hwang，C.S.et al.2003.Mol Microbiol.47：1029-43)。很多环境因子可以引起从酵母态到菌丝态的转变，例如血清、N-乙酰葡糖胺、中性pH、高温、饥饿、二氧化碳和粘附等。这些外界的环境信号通过一系列信号转导途径传递到细胞内部，来调节白念珠菌的形态发生。在这些信号转导途径中，MAPK途径和cAMP-PKA途径发挥主要作用，其中cAMP-PKA途径最为关键。MAPK途径下游的Cph1(Huang etal.，2008，Microbiol Res，163：380-393)和cAMP-PKA途径下游的Efg1与CaFlo8(Hogan and Sundstrom，2009，Future Microbiol，4：1263-1270)(Cao et al.，2006，Mol Biol Cell，17：295-307)是代表性的促进白念珠菌丝状生长的正调控因子。酿酒酵母与白念珠菌的形态发生调控网络有很多相似之处，酿酒酵母cAMP/PKA途径的两个转录因子Phd1和Mga1在假菌丝发育的转录调控中处于枢纽地位(Borneman et al.，2006，Genes Dev，20：435-448)，过表达PHD1或者MGA1诱导酿酒酵母在酵母生长条件下进行假菌丝生长，这两个转录因子自身的转录都受到ScFlo8的调控。对结合的靶基因的分析证明这两个转录因子调控的基因有很多重叠，并且Mga1依赖于ScFlo8来结合靶基因，表明Mga1与ScFlo8有调控作用(Borneman et al.，2006，Genes Dev，20：435-448)。Phd1和ScFlo8分别是白念珠菌Efg1和CaFlo8的同源物，后二者都在白念珠菌的菌丝发育中发挥重要功能。白念珠菌基因组中与Mga1同源性最高的是Sfl2，它的功能还有待深入研究。

发明内容

白念珠菌是人类最常见的一种病原真菌，除了可以导致鹅口疮、阴道炎等表皮感染外，还可能引起致命的系统性感染。白念珠菌在酵母态和丝状生长形态(假菌丝和菌丝)之间的形态转换能力是其致病性最重要的决定因素之一，这种形态转换受到许多转录因子的复杂调控。本发明人克隆了一个调控白念珠菌形态转换的转录因子基因SFL2。在野生型白念珠菌中过表达SFL2激活菌丝生长，而SFL2基因的敲除降低白念珠菌的菌丝形成能力，并阻断其侵入生长，说明其编码产物Sfl2是白念珠菌丝状生长和侵入生长的一个激活因子。利用尾静脉注射的系统感染模型和肠道接种的系统感染模型检测SFL2在白念珠菌致病过程中的功能作用，本发明人构建了sfl2/sfl2缺失株，结果表明在两种小鼠系统感染模型中sf12/sfl缺失株的毒性都显著减弱，说明SFL2是一个致病相关基因。SFL2基因的转录和Sfl2蛋白的表达都受温度调控，在体外25℃几乎不表达，而在体温37℃条件下大量表达，暗示该基因对白念珠菌在人体内生存的重要意义。Sfl2蛋白属于HSF结构域家族成员，具有特异的HSF型DNA结合结构域；而白念珠菌丝状生长的转录抑制因子Sfl1也具有HSF结构域，这两个HSF结构域的互换导致相反的功能，本发明人发现这两个蛋白是通过自身特异的HSF结构域来发挥功能相反的调控作用。

因此，本发明第一方面提供一种氨基酸序列，所述氨基酸序列含有SEQ ID NO：4或SEQ ID NO：6所示的序列。

在一个具体实施方式中，本发明的氨基酸序列为SEQ ID NO：4或SEQ ID NO：6所示的氨基酸序列。

本发明第二方面提供一种多核苷酸序列，所述多核苷酸序列编码本发明的氨基酸序列。

在一个具体实施方式中，所述多核苷酸序列含有SEQ ID NO：3或4所示的序列。在另一具体实施方式中，所述多核苷酸序列编码SEQ ID NO：4或SEQ IDNO：6所示的氨基酸序列。

本发明第三方面提供本发明的氨基酸序列多核苷酸序列在制备治疗或预防念珠菌病用的药物中的用途。

在一个具体实施方式中，所述念珠菌病选自念珠菌性间擦疹，丘疹形念珠菌病，念珠菌性甲沟炎，甲床炎，慢性皮肤粘膜念珠菌病，鹅口疮，生殖器念珠菌病，以及念珠菌感染导致的肠念珠菌病、肺念珠菌病、泌尿道炎、肾孟肾炎、心内膜炎、脑膜炎和念珠菌性败血症。

在一个具体实施方式中，所述用途涉及SEQ ID NO：1～6中任一序列的用途。

本发明第四方面提供一种改变念珠菌菌丝生长能力的方法，所述方法包括：

(1)使念珠菌含HSF结构域的基因发生突变，从而使得该HSF结构域失活或含该HSF结构域的整个蛋白失活；或

(2)在该念珠菌中过表达Sfl1蛋白或含有SEQ ID NO：4所示序列的氨基酸序列；或

(3)在该念珠菌中过表达Sfl2蛋白或含有SEQ ID NO：6所示序列的氨基酸序列；

从而改变念珠菌菌丝生长能力。

本发明第五方面提供白念珠菌的Sfl2基因或其编码的蛋白、或所述基因的同源基因或该同源基因所编码的蛋白在用于筛选抑制念珠菌菌丝生长的药物或筛选用于预防或治疗念珠菌病用的药物中的用途。

本发明还提供白念珠菌SFL2基因的用途，用于制备白念珠菌sfl2/sfl2缺失株，所述的缺失株为白念珠菌的减毒株；所述的白念珠菌SFL2基因的核苷酸序列选自下组：(a)编码SEQ ID NO：2所示氨基酸序列的多肽的多核苷酸序列；(b)与(a)互补的多核苷酸序列。该基因的用途还包括制备与野生型白念珠菌相比Sfl2蛋白过表达的白念珠菌。

本发明还提供白念珠菌SFL1基因或含SEQ ID NO：3所示核苷酸序列的基因的用途，用于制备与野生型白念珠菌相比Sfl2蛋白表达受到抑制或菌丝生长能力减弱的白念珠菌。

此外，本发明还提供含SEQ ID NO：5所示核苷酸序列的基因的用途，用于制备与野生型白念珠菌相比Sfl2蛋白表达提高或菌丝生长能力提高的白念珠菌。

本发明还提供一种筛选预防或治疗念珠菌病的分子的方法，所述方法包括：

将候选分子给予培养中的念珠菌，和测定该念珠菌的Slf2蛋白的表达水平和菌丝生长能力，其中，能使所述表达水平和生长能力受到抑制的分子为所述预防或治疗上述念珠菌病的分子。

本发明还提供一种菌丝生长能力发生了变化的念珠菌菌株，所述菌株选自含HSF结构域的基因缺失的菌株、含HSF结构域的基因过表达的菌株、以及过表达含本申请SEQ ID NO：4或6所示序列的蛋白的菌株。

在一个具体实施方式中，本发明的菌丝生长能力发生了变化的念珠菌是白念珠菌，其是sfl2/sfl2缺失株，缺失白念珠菌sfl2基因；所述的白念珠菌SFL2基因的核苷酸序列选自下组：(a)编码SEQ ID NO：2所示氨基酸序列的多肽的多核苷酸序列；(b)与(a)互补的多核苷酸序列。

在其它具体实施方式中，本发明的菌丝生长能力发生了变化的念珠菌是白念珠菌，其Sfl 2蛋白过表达，菌丝生长能力被激活或提高。

本发明还包括本发明所述的菌丝生长能力发生了变化的念珠菌菌株的用途，用于制备使受试者对野生型的白念珠菌产生免疫力的疫苗。

附图说明

图1显示的是白念珠菌中SFL2基因的敲除。A图显示在白念珠菌中敲除SFL2基因的策略及其染色体上的酶切图谱；B图显示在白念珠菌SFL2基因的敲除过程中各个菌株的Southern杂交图谱。

图2显示的是sfl2/sfl2缺失株在侵入生长和包埋条件下的菌丝生长中有明显的缺陷。侵入生长模拟的是白念珠菌感染宿主时粘附和侵入宿主组织的过程，而包埋条件模拟的是已经侵入组织的白念珠菌在宿主体内某些厌氧环境中进行丝状生长的过程。A图显示sfl2/sfl2缺失株粘附到琼脂表面的能力相比野生型对照菌株大大下降；B图显示sfl2/sfl2缺失株侵入琼脂的能力相比野生型对照菌株也大大下降；C图显示在包埋在琼脂中时野生型对照菌株能够形成长而浓密的菌丝，而sfl2/sfl2缺失株仅能形成短而稀疏的菌丝。

图3显示了在小鼠系统感染试验中，SFL2基因的敲除使白念珠菌毒力降低。注射液浓度为5×10⁶细胞/毫升，每只小鼠尾静脉注射100μl菌液，共注射8只小鼠。

图4显示SFL2基因的缺失导致白念珠菌在小鼠肠道感染模型中的毒力大大下降。该感染模型通过将白念珠菌掺入饮水对小鼠进行喂食，使白念珠菌在小鼠肠道中稳定繁殖进而扩散和感染小鼠的组织导致死亡。白念珠菌终浓度为2×10⁶个细胞每毫升，每个菌株喂食8只小鼠。

图5显示的是白念珠菌中SFL2基因的转录和蛋白的表达都受人体温度37℃的诱导。A图qRT-PCR结果显示SFL2基因的转录水平在高温(37℃)下相比在低温(25℃)下上调了大约5倍，而在Lee氏培养基或者血清刺激下上调了大约1.5倍。B图Western blot结果显示Sfl2蛋白表达水平在高温(37℃)诱导下也上调了大约5倍，在Lee氏培养基或者血清刺激下仅有微弱的上调。

图6显示了Sfl2和Sfl1是通过各自的HSF结构域来发挥对丝状生长的不同调控功能。A图显示了Sfl2与Sfl1的嵌合蛋白的构建示意图。B和C图显示了嵌合蛋白对白念珠菌丝状生长的影响；图6B为YPD平板，30℃培养2天；图6C为琼脂+血清平板，37℃培养3天。

具体实施方式

念珠菌病主要是白色念珠菌引起的急性、亚急性或慢性感染，是最常见的真菌病。常侵犯皮肤、粘膜，也可引起内脏或全身感染。临床症状错综复杂，急缓不一。儿童多为急性继发性感染。近年来随着大剂量抗生素、激素、免疫抑制剂的应用，以及器官移植术的开展，其发病率渐趋增高，并可危及生命造成严重后果。

念珠菌病可包括皮肤念珠菌病，例如念珠菌性间擦疹、丘疹形念珠菌病(可伴发念珠菌性口角炎、口腔炎)、念珠菌性甲沟炎、甲床炎、慢性皮肤粘膜念珠菌病；粘膜念珠菌病，例如鹅口疮、生殖器念珠菌病(包括女阴阴道炎及龟头包皮炎)；内脏念珠菌病，念珠菌感染可累及全身所有内脏器官，其中以肠念珠菌病及肺念珠菌病较常见，此外，尚可引起泌尿道炎、肾孟肾炎、心内膜炎及脑膜炎等，还会引起念珠菌性败血症；念珠菌疹；等等。

白色念珠菌可侵犯人体许多部位，可引起：1.皮肤念珠菌病，好发于皮肤皱褶处(腑窝、腹股沟，乳房下，肛门周围及甲沟，指间)，皮肤潮红、潮湿、发亮，有时盖上一层白色或呈破裂状物，病变周围有小水泡。2.粘膜念珠菌病，以鹅口疮、口角炎、阴道炎最多见，在粘膜表面盖有凝乳大小不等的白色薄膜，剥除后，留下潮红基底，并产生裂隙及浅表溃疡。3.内脏及中枢神经念珠菌病，可由粘膜皮肤等处病菌播散引起，有肺炎、肠胃炎、心内膜炎、脑膜炎、脑炎等，偶尔也可发生败血症。

因此，本申请提供白念珠菌的Sfl2(SEQ ID NO：1)或其编码的蛋白(SEQ IDNO：2)、或Sfl2在念珠菌属其它念珠菌中的同源基因或其所编码的蛋白的用途，包括用于筛选抑制念珠菌菌丝生长的药物、预防或治疗上述念珠菌病(尤其是白念珠菌引起的各种疾病)用的药物、以及研究念珠菌(尤其是白念珠菌)菌丝生长调控和毒性表现中的功能。

本申请提供白念珠菌Sfl1与Sfl2的嵌合基因序列及其编码序列，分别是SEQID NO：3和5所示的核苷酸序列及SEQ ID NO：4和6所示的氨基酸序列，以及这些序列的用途，包括用于筛选抑制念珠菌菌丝生长的药物、筛选和制备预防或治疗上述念珠菌病(尤其是白念珠菌引起的各种疾病)用的药物、以及研究念珠菌(尤其是白念珠菌)菌丝生长调控和毒性表现中的功能。

本申请提供一种改变念珠菌菌丝生长能力的方法，所述方法包括：(1)使念珠菌含HSF结构域的基因发生突变，从而使得该HSF结构域失活、被剔除或含该HSF结构域的整个蛋白失活；或(2)在该念珠菌中过表达Sfl1蛋白或其同源蛋白或含有SEQ ID NO：4所示序列的氨基酸序列；或(3)在该念珠菌中过表达Sfl2蛋白或其同源蛋白或含有SEQ ID NO：6所示序列的氨基酸序列；从而改变念珠菌菌丝生长能力。“改变”在本申请中包括促进和抑制。本文中，含HSF结构域的基因主要包括SFL1和SFL2。

因此，在一个具体实施例中，本申请提供一种通过使白念珠菌的Sfl2(SEQ IDNO：1)的HSF结构域(编码SEQ ID NO：2第113～223位氨基酸的核苷酸序列)发生突变而导致其编码的Sfl2蛋白的HSF结构域失活或整个蛋白失活、从而抑制白念珠菌菌丝生长的方法。还可在其它念珠菌的与HSF同源的结构域中发生类似或相同的突变，以抑制该念珠菌菌丝生长。上述突变以及突变所得序列也可以作为治疗或预防上述念珠菌病的手段之一。

本申请也包括促进念珠菌(例如白念珠菌)菌丝生长的方法，该方法包括例如使该念珠菌的Sfl2蛋白过表达，或者在该念珠菌中过表达含SEQ ID NO：6所示序列的氨基酸序列，从而促进念珠菌的菌丝生长。这种促进念珠菌菌丝生长的方法可用于，例如本申请所述的药物筛选。具体而言，可在实施促进念珠菌生长的方法的同时，给予候选分子，通过判断念珠菌菌丝生长情况来评价该候选分子能否作为念珠菌菌丝生长的抑制剂，以用于治疗用途。过表达的方法可采用本领域常规技术实现。例如，本申请中，“过表达”是把SFL2等基因整合到白念珠菌基因组ADE2基因的位点，在ADH1启动子的启动下进行高表达。如本申请实施例所示，表达呈组成型表达，因此在25℃、30℃和37℃都能看到该基因产物对白念珠菌的形态影响以及毒性影响。

上述“突变”包括将整个Sfl2或其同源序列剔除，或者用长度相同或类似、但不编号野生型HSF结构域的序列进行替换，或者将该HSF结构域剔除，也包括突变该核苷酸序列中的一个或多个核苷酸序列、从而使得所编码的HSF结构域失活。

HSF结构域是否失活可采用本领域常规的手段进行评价。例如，可通过评价含有突变的Sfl2基因的念珠菌的菌丝生长能力，用以判断该突变是否导致HSF结构域失活。

“同源”在本文中修饰基因或蛋白时，指在念珠菌属的各种念珠菌中都具有的序列基本上相同、功能基本上相同的基因或蛋白。所述序列基本上相同指，其它念珠菌中的“同源序列”与SEQ ID NO：1或2所示的核苷酸或氨基酸序列相比，显示有至少80％、优选至少85％、更优选至少90％、更优选至少95％、最优选至少98％以上的序列相同性。通常，“相同性”指两条多核苷酸或多肽序列上准确的核苷酸对核苷酸或者氨基酸对氨基酸对应。通过排列两个分子的序列直接比较它们的序列信息，计算两条排列的序列间匹配的准确数量，将其除以最短序列的长度，然后乘以100，从而可得到相同性百分数。可采用本领域常规得的计算机程序来计算两条或多条序列之间的序列相同性，这些程序包括ALIGH、Dayhoff、M.O.、BESTFIT、FASTA和GAP程序等。

本申请也包括一种筛选预防或治疗上述念珠菌病的分子的方法，该方法包括将候选分子给予培养中的念珠菌，和测定该念珠菌的Slf2蛋白的表达水平和菌丝生长能力，其中，能使所述表达水平和生长能力受到抑制的分子为所述预防或治疗上述念珠菌病的分子。一类这样的分子包括本申请所公开的SEQ ID NO：4所示的氨基酸序列以及含有SEQ ID NO：4所示氨基酸序列的多肽序列。

因此，本申请还包括SEQ ID NO：3～6所示的序列以及含有这些序列的序列、组合物、表达载体、细胞、念珠菌等。本领域周知，可在对这些序列做出一个或几个(例如1～50个，1～40个，1～30个，1～20个，1～10个，1～5个)选自缺失、插入和突变的变异，这些变异不会使这些序列发生功能上的变化。

尤其是，在某些实施例中，对于核苷酸序列而言，可对HSF结构域以外的核苷酸实施上述突变；对于氨基酸而言，可对HSF结构域以外的氨基酸序列做出突变，这种突变由于保留了活性HSF结构域的功能使变异所得序列仍保留了所需的生物学活性。

上述筛选方法包括体内和体外方法，也包括非治疗目的的方法。上述方法还包括提供一对照，并将所测定的表达水平与生长能力与该对照进行比较。对照可以是，例如野生型念珠菌。进一步地，筛选得到的分子可以进行动物实验。

在某些实施例中，筛选实验在32～38℃左右进行，优选在约35～37℃进行。在其它实施例中，使用如本文实施例部分所述的培养基进行筛选实验。

本申请也包括采用上述方法筛选得到的分子及其在制备治疗或预防念珠菌病用的药物中的用途。本申请也包括含有这类分子的药物组合物以及含有所述药物组合物的药盒。药物组合物中还可以含有各种适当的药学上可接受的载体或赋形剂。

本申请还包括本申请所提供的序列(包括SEQ ID NO：1～2及其同源序列)在制备治疗或预防上述念珠菌病用的药物中的用途。本文中，该“制备”既包括使用所述序列作为药物中的活性成分进行的药物制备，也包括使用所述序列作为起始原料进行的包括筛选活性成分在内的整个药物制备过程。

本文以白念珠菌(C.albicans)为例进行阐述，但应理解念珠菌属还包括现有已知的各种菌，包括但不限于C.ascalaphidarum、C.amphixiae、C.antarctica、C.atlantica、C.atmosphaerica、C.blattae、C.carpophila、C.cerambycidarum、C.chauliodes、C.corydali、C.dosseyi、C.dubliniensis、C.ergatensis、C.fructus、C.glabrata、C.fermentati、C.guilliermondii、C.haemulonii、C.insectamens、C.insectorum、C.intermedia、C.jeffresii、C.kefyr、C.krusei、C.lusitaniae、C.lyxosophila、C.maltosa、C.marina、C.membranifaciens、C.milleri、C.oleophila、C.oregonensis、C.parapsilosis、C.quercitrusa、C.sake、C.shehatea、C.temnochilae、C.tenuis、C.tropicalis、C.tsuchiyae、C.sinolaborantium、C.sojae、C.subhashii、C.viswanathii、C.utilis。本申请也包括SEQ ID NO：1和2所示序列在这些菌株中的同源序列的用途，包括用于筛选抑制念珠菌菌丝生长的药物、预防或治疗念珠菌病用的药物、以及研究念珠菌(尤其是白念珠菌)菌丝生长调控和毒性表现中的功能。

本申请还包括各种经本申请方法处理而获得的菌丝生长能力发生了变化的念珠菌菌株。例如，这类念珠菌菌株包括含HSF结构域的基因(例如SFL2基因或其同源基因)缺失的菌株、含HSF结构域的基因(例如SFL1或SFL2基因或其同源基因)过表达的菌株、以及过表达含本申请SEQ ID NO：4或6所示序列的蛋白的菌株等。念珠菌的菌丝生长能力可如本文实施例所述在25～38℃(优选在例如约35～37℃)的条件下进行测试。这些菌丝生长能力发生了变化的菌株可用于本申请所述的筛选方法，用来筛选特异性药物，或者可用于疫苗研制。本申请的菌株可在常规的培养基中培养，例如，在常规的YPD培养基中在25～38℃下进行培养。

本申请还包括鉴定白念珠菌菌株毒性的方法，该方法包括检测待测白念珠菌中SFL1或SFL2基因的表达或活性，其中，若相对于野生型白念珠菌，待测白念珠菌SFL2基因表达或活性提高或SFL1基因表达或活性降低，则该白念珠菌具有一般毒性或高的毒性；若相对于野生型白念珠菌，待测白念珠菌SFL2基因表达或活性降低或SFL1基因表达或活性升高，则该白念珠菌具有低的毒性或无毒性。所述鉴定可在例如32～38℃温度下进行。

下文将以具体实施例的方式对本发明进行详细的阐述。应理解，这些具体实施例仅仅是阐述性的。对于文中的试剂及用量，除非另有说明，否则为本领域常规的试剂和用量。

材料和方法

1、白念珠菌的转化

准备PEG/LiAc溶液(0.1M LiAc，10mM Tris·HCl，1mM EDTA，40％PEG4000，pH 7.5)10ml；在1.5ml Eppendorf管中依次加入质粒2-10ug，5μl 10mg/ml鱼精DNA(Invitrogen)，混匀；加入0.1ml感受态细胞和0.5ml PEG/LiAc，votex混匀；30℃200rpm培养30min；42℃热冲击22min，冰浴1-2min；YPD培养基(2％tryptone，1％yeast extract，2％葡萄糖)中复苏1h，高速离心15s，吸掉上清，涂布于适当的营养筛选SD平板(0.17％yeast nitrogen basew/o amino acids，0.5％(NH4)₂SO₄，2％葡萄糖，再补加适当的氨基酸)上。

2、白念珠菌基因组DNA的抽提

5ml过夜培养物，5000rpm离心5min收获菌体，悬于0.5ml Sol A(1M山梨醇，100mM EDTA，pH8.0)中，转移至1.5ml离心管，加入3-5μl 20mg/ml zymolyase(日本生化学工业株式会社)，20μl 1M DTT(可不加)，37℃，60min，不时轻摇。5000rpm，2min回收菌体，用0.5ml TE缓冲液洗一次，悬于350μl TE缓冲液中，可吹吸，加入90μl Sol B(250mM EDTA pH8.0，400mM Tris·HCl pH8.0，2％SDS)，混匀，65℃，孵育30min，加入80μl 5M KAc，置冰上120min以上。12000rpm，离心10min，上清转入新管，加入两倍体积乙醇，颠倒混匀，挑出DNA于200μl 70％乙醇中，挤干沉淀，不等干透立即加入0.4ml TE(pH 7.5)，溶解后加入5μl RNase A(10mg/ml)，37℃保温1h，加入1/10体积3M NaAc，两倍体积乙醇，挑出沉淀于200μl 70％乙醇中，挤干后立即用150μl TE(pH 7.5)溶解。

3、Southern杂交分析

白念珠菌基因组DNA抽提后，基因组DNA用XmnI完全酶切，电泳完成后的琼脂糖胶分别用变性液(1.5M NaCl，0.5M NaOH)和中和液(1M Tris·HClpH7.4，1.5M NaCl)浸泡45min，尼龙膜用双蒸水或10×SSC浸透，搭好转膜平台，胶与膜间用Parafilm封闭，加一个500g砝码。以10×SSC为转膜液转移过夜，第二天漂洗晾干交联。交联后的膜装入杂交管，加入10ml预杂交液(6×SSC，5×denhardt’s Reagent，0.5％SDS，100μg/ml鱼精DNA)，于42℃预杂交12h，探针在100℃变性5min，加入150μl(约1/3所标记的探例)42℃杂交10-16h。0.1×SSC，0.1％SDS洗两到三次，每次40min，取出膜，晾干，室温或-70℃压片。探针标记用Invitrogen的随机引物标记试剂盒，照其说明操作。将含25ng DNA的溶液于100℃加热变性5-10min，置于冰浴中，再依次加入Random Primers Buffer Mixture(Invitrogen)，2μl dCTP，2μl dGTP，2μl dTTP，3μl[α-³²P]-dATP(10μCi/μl)，混匀后加入1μl Klenow酶，于25℃保温1h，以Sephadex G-25柱以3000rpm离心4min，收集离心液，即为纯化后的探针溶液。探针于100℃变性5min冰上冷却后加入杂交体系中。

4、实时定量PCR

利用RNeasy mini kit和RNase-free DNase(QIAGEN)抽提白念珠菌的总RNA。cDNA的合成使用TOYOBO公司的ReverTra Ace qPCR RT Kit，并按照公司提供的方法完成。定量PCR使用的是TOYOBO的SYBR Green Realtime PCRMaster Mix，仪器为7500Fast Real-Time PCR System(Applied Biosystems)。循环条件为：94℃，5min热启动；然后在94℃，15s，55℃，30s，72℃，30s反应40个循环。数据收集采用ΔΔCt方法。获得的数据用7500FastSystem SDS Software Version 1.4.0.25(Applied Biosystems)进行分析。

5、白念珠菌细胞抽提物的制备

白念珠菌在YPD培养基中于30℃培养至饱和，按OD₆₀₀0.15转接于YPD或其他培养基中，在实验所需温度培养至OD₆₀₀为0.6-1.0。50mL培养物离心收集，10mL无菌水洗一次。以下步骤均在4℃进行。细胞重悬于0.4mL酵母细胞裂解液(200mM Tris-HCl pH 8.0，400mM(NH₄)₂SO₄，10mM MgCl₂，1mM EDTA，10％甘油，7mM β-巯基乙醇，2mM苄脒，1mM PMSF，2μg/ml抑胃肽A，2μg/ml亮肽素，4μg/ml antipain)，加入0.4g酸洗玻璃珠(425-600μm，Sigma)。在振荡器FastPrep-24(MP biomedicals)上以5m/s的速度振4-5次，每次30s，间隔冰浴5min。裂解液12000rpm离心5min，上清再离心5min，收集上清并测定蛋白浓度，-70℃保存。

6、白念珠菌毒力检测

尾静脉注射法：以体重在16-18g ICR雄性小鼠为实验对象，通过尾静脉注射100μl白念珠菌各种菌株，并培养观测25天。各个菌株注射浓度为5x10⁷细胞/毫升。

肠道感染法：白念珠菌对小鼠的肠道感染实验按照文献报道的方法进行(Koh et al.，2008，PLoS Pathog，4：e35)。6-8周的雌性C3H/HeN小鼠分成每笼4只喂养。通过饮用水中抗生素的加入来去除小鼠体内的微生物群落。使用的抗生素为：2mg/ml链霉素(BIO BASIC INC.)，1500U/ml青霉素G(BIOBASIC INC.)，和0.250mg/ml fluconazole(Sigma)。持续三天以后，再用相同浓度的链霉素和青霉素G喂养一天。然后采集小鼠粪便，用1％的胰蛋白酶消化后铺到YPD，trypticase soy和MacConkey agar(BD)平板上，在37℃培养并观察微生物生长确定已经除去内源微生物后进行后续实验。然后将所要检测的白念珠菌菌株用YPD培养，按照终浓度2×10⁶cfu/ml加入小鼠的饮用水，同时加入与之前相同浓度的链霉素和青霉素G，饲喂5天。采集粪便，研磨，梯度稀释，铺到含有0.010mg/ml万古霉素(BIO BASIC INC.)和0.100mg/ml庆大霉素(BIO BASIC INC.)的YPD平板上，37℃培养一天，以确定各个菌株在小鼠体内的寄生水平相当。在肠道寄生达到稳定后，通过腹腔注射免疫抑制剂环磷酰胺(cyclophosphamide，Sigma)，注射量为150mg/kg/剂。然后用含有2mg/ml链霉素，1500U/ml青霉素G和0.2mg/ml庆大霉素的饮用水继续喂养，并观察小鼠的死亡情况。将小鼠肝脏解剖，用1％的胰蛋白酶消化，然后梯度稀释并铺到含有0.100mg/ml庆大霉素和0.010mg/ml万古霉素的YPD平板上，在37℃培养来检测白念珠菌在小鼠肝脏内的水平。

实施例1：白念珠菌中SFL2基因的敲除

为了研究SFL2基因的功能，本发明人通过同源重组法对其进行敲除，敲除策略的示意图见图1A。分别用以下引物(划线部分表示酶切位点)：

5’-CGCCTCGAGACACTTTTAGACCTTTCATTTG(SEQ ID NO：7)，与

5’-ATACTGCAGCCAGGATTTTTCTTACTCATTG(SEQ ID NO：8)；和

5’-GCAGGATCCGAGAGATAACTAAGAAATATG(SEQ ID NO：9)，与

5’-TCTGCGGCCGCGATTGAGCATAATATCATTTC(SEQ ID NO：10)

从野生型菌株SC5314基因组DNA中扩增得到白念珠菌SFL2基因的启动子区的1kb和3’-UTR的0.9kb片段，分别用XhoI/PstI和BamHI/NotI酶切后依次插入到质粒pBluescript KSII的相应位点。所得质粒用BamHI酶切后与带有BglII-BamHI末端的HisG-URA3-HisG片段连接得到白念珠菌SFL2基因的敲除质粒pSFL2-KO。HisG-URA3-HisG片段是用BglII-BamHI从pCUB6酶切得到的。SFL2基因的启动子区的1kb和3’-UTR的0.9kb片段的序列用于同源重组。pSFL2-KO经XhoI/SstI酶切以后用于转化野生型的ura营养缺陷型菌株CAI4，在缺少尿嘧啶的合成培养基上可以筛选到转入质粒的转化子。通过1kb和0.9kb两个同源片段和基因组上的SFL2同源片段重组，可以把染色体上的SFL2基因的2.1kb的编码区同源片段用HisG-URA3-HisG给替换掉，从而破坏染色体上的SFL2基因，正确插入的转化子通过Southern杂交分析确定。然后将正确插入的转化子涂在含5-氟乳清酸(5-fluoro-orotic acid，5-FOA)平板上，由于5-氟乳清酸对含有URA3的菌株来说是具有毒性的，所以可以通过两个同向HisG同源序列在同一条染色体上的重组而将URA3环出，那么在含5-氟乳清酸(5-fluoro-orotic acid，5-FOA)平板上长出的都是丢失了URA3筛选标记的重组菌。利用丢失了URA3筛选标记的重组菌可以进行下一轮的转化进而敲除另一条染色体上的SFL2基因。

所得重组子的基因型用Southern杂交技术检测确定。这些菌株的基因组DNA用XmnI酶切，与含1.0kb SFL2DNA片段的探针杂交。杂交结果表明，CAI4菌株显示一条3.3kb杂交条带，SFL2单拷贝缺失株显示3.3kb和8.1kb两条杂交带，在5-FOA平板上将一份拷贝的HisG和URA3环出后，呈现一条较小的5.0kb杂交带，通过两轮转化和环出，得到SFL2双拷贝缺失的菌株sfl2/sfl2。图1B显示了SFL2基因敲除过程中各个菌株Southern杂交分析的图谱。

实施例2：SFL2基因的敲除对白念珠菌菌丝发育的影响

白念珠菌侵入到琼脂内部的能力是其丝状生长的一种表现形式。真菌丝和假菌丝都能进行侵入生长，从而刺入到琼脂内部。为了研究Sfl2在侵入生长过程中是否发挥作用，本发明人将野生型、sfl2/sfl2缺失株、SFL2回复株和过表达SFL2的野生型菌株划到YPD琼脂平板上，在37℃培养两天以后，用水流进行冲洗。位于琼脂表面的野生型细胞大部分都被冲洗掉，少量细胞依然附着在表面上(图2A)，一部分细胞刺入到琼脂内部形成侵入的丝状体(图2B)。sfl2/sfl2缺失株比野生型细胞更容易冲洗掉，并且刺入到琼脂内部的能力有缺陷，在琼脂基质中只能形成很短的丝(图2A)。将一个拷贝的野生型SFL2导入缺失株，在内源的启动子下表达后可以回复缺失株的侵入生长缺陷。另外，过表达SFL2可以增强细胞粘附在表面的能力并且使更多的细胞侵入琼脂内部并形成更长的丝(图2A，2B)。这些结果表明，在体温(37℃)时，SFL2发挥白念珠菌侵入生长的激活因子的功能。

包埋条件是一种低氧的、与介质接触的条件，可以部分模拟白念珠菌在宿主体内的某些生存环境。本发明人观察了包埋条件下sfl2/sfl2缺失株的表型。取单菌落于YPD培养基，30℃培养过夜后，按照4×10⁴cfu/ml(cfu：菌落形成单位)转接到新鲜的YPD培养基中，30℃培养4小时。400cfu的菌液和融化的YPS(1％Agar)琼脂培养基混合均匀并铺板，在37℃培养2天。在解剖镜下观察菌落形态。野生型细胞形成不均相的丝状菌落，菌落中包含大量伸长的菌丝细胞；而缺失株形成小而不规则的菌落，周围只有很少的短的丝状突起，菌落里的细胞大部分是酵母态，整合了一个拷贝SFL2的回复株能够部分回复包埋条件下的丝状生长，菌落形态接近野生型(图2C)。

实施例3：SFL2基因的敲除对白念珠菌毒性的影响

酵母-菌丝形态之间的转换能力与白念珠菌的致病能力密切相关，菌丝发育有缺陷的白念珠菌毒性往往下降。本发明人构建的sfl2/sfl2缺失株菌丝发育有缺陷，为了检测SFL2的缺失对白念珠菌毒性的影响，本发明人在两个不同的白念珠菌系统感染小鼠模型中进行了检测。

尾静脉注射的系统感染模型：注射用小鼠为ICR雄性小鼠，体重18～21g。待测菌株在YPD培养过夜，转接至新鲜培养基中再培养3-4小时，取适量离心后重悬浮于1ml 0.9％生理盐水中，稀释后用血球计数板计数。菌液以生理盐水稀释至浓度为5×10⁷细胞/ml。以0.25ml注射器和4号针头注射小鼠尾静脉，每只小鼠注射0.1ml，每种菌株注射8只小鼠。每天观察小鼠的死亡情况，从小鼠的死亡曲线判定菌株的毒力。结果如图3所示，野生型菌使小鼠在6天内全部死亡，而注射了sfl2/sfl2缺失株的小鼠在16天时还全部存活，过表达SFL2的菌株毒性比野生型略微下降，小鼠在8天时全部死亡。

肠道接种的系统感染模型：接下来本发明人利用一个最近报道的白念珠菌的小鼠感染模型来检测SFL2基因的敲除对白念珠菌毒性的影响(Koh et al.，2008，PLoS Pathog，4：e35.)。在这个模型中，白念珠菌是通过饮用水接种到小鼠的肠道，而不是像上述的模型中那样是通过静脉直接注射到血液中。这个模型的一个优点是它可能模仿了白念珠菌在人体内造成感染的过程：肠道共生的白念珠菌穿过肠道的黏膜表面而转移到血液并造成系统感染，这种情况在注射了化疗药物(例如本实验中使用的环磷酰胺)的癌症病人中很常见(Spellberg，2008，PLoS Pathog，4：e38.)。本发明人选取6至8周龄的雌性C3H/HeN小鼠，先在其饮用水中加入链霉素、青霉素和氟康唑来除去内源的微生物群落。然后将野生型，sfl2/sfl2缺失株和sfl2/sfl2::SFL2(回复株)的白念珠菌(同时加入链霉素和青霉素)分别通过饮用水喂养小鼠。通过粪便采样，确定各个小鼠肠道内接种的白念珠菌数量是相当的。在肠道接种白念珠菌成功以后，将免疫抑制剂环磷酰胺(cyclophosphamide)用腹腔注射方法打入小鼠体内，并用加入了链霉素、青霉素和庆大霉素的饮用水进行喂养，同时观察死亡率。如图4A所示，在进行了免疫抑制以后，接种了野生型白念珠菌的8只小鼠在5天内全部死亡。而接种了缺失株白念珠菌的小鼠中有87.5％(8只中的7只)在免疫抑制11天以后依然存活。回复株的毒性得到了大部分的回复：所有接种了回复株的8只小鼠在8天内全部死亡。因此，在这个肠道感染的小鼠模型中，Sfl2对于白念珠菌的毒性是必需的。本发明人将死亡小鼠的肝组织取出，存活至11天后的小鼠处死后也取出肝组织，经研磨、胰蛋白酶消化后梯度稀释，铺到YPD平板上培养，通过菌落计数来检测小鼠肝脏中的白念珠菌水平。结果显示，被sfl2/sfl2缺失株感染的小鼠肝脏中的白念珠菌水平明显低于野生型，而回复株的水平则与野生型相当(图4B)。

实施例4：SFL2基因的表达调控

本发明人检测了SFL2在各种培养条件下的转录水平。本发明人使用了YPD，YPD+10％血清，Lee氏培养基(pH 4.5或6.8)(参见Chen et al.，2000，MolCell Biol，20：8696-8708)，分别在25℃和37℃培养野生型白念珠菌，抽提RNA，用qRT-PCR方法来检测SFL2的转录量。本发明人发现，SFL2的转录主要受温度调控。在YPD培养基中，37℃比25℃的转录量提高了5.2倍(图5A)。另外，一些其他因素对SFL2的转录也有影响，但是影响程度较小。例如，相同温度下，SFL2在YPD+10％血清中的转录量大概是YPD中的1.5倍；而Lee氏培养基中的转录大概是YPD中的1.8倍(图5A)。pH值对SFL2的转录水平没有明显影响，pH4.5和pH6.8的Lee氏培养基中的转录水平没有显著差异(图5A)。接下来，本发明人检测了Sfl2的蛋白表达是否也受到温度的诱导。本发明人构建了Sfl2-MYC的表达质粒，将其整合到SFL2的基因位点，在内源SFL2启动子下表达Sfl2-Myc融合蛋白。本发明人使用了与上述抽提RNA相同的培养条件，抽提白念珠菌的总蛋白，并用anti-Myc抗体检测融合蛋白的表达情况。结果显示，Sfl2蛋白的表达水平的变化与RNA转录水平的变化一致，也主要受到温度的调控。在25℃时，蛋白的表达水平很低；而在37℃时，则被较大量诱导出来(图5B)。在同一种培养基中，高温比低温的表达水平提高了5-6倍(图5B)。此外，血清和Lee氏培养基也对融合蛋白的表达有较小的影响，这与SFL2的RNA转录水平一致。这些结果表明，SFL2的表达受到高温、血清、Lee氏培养基等菌丝诱导条件的诱导，而高温(37℃)发挥主要作用。

实施例5：HSF结构域在Sfl2功能发挥中的重要作用

Sfl2蛋白的氨基端具有一个HSF型DNA结合结构域，另一个转录因子Sfl1(白念珠菌基因组序列可见Candida Genome Database，网址为：http://www.candi dagenome.org，其中SFL2基因的系统名为orf19.3969，SFL1基因的系统名为orf19.454)也具有HSF结构域，但Sfl1是白念珠菌菌丝发育的抑制因子，这与Sfl2激活菌丝发育的功能相反。本发明人推测Sfl2与Sfl1可能是通过各自的HSF结构域结合不同的靶基因，从而发挥了不同的调控功能。为了验证这个假设，本发明人构建了Sfl1与Sfl2的嵌合体，将这两个基因的HSF结构域互换，示意图见图6A。在野生型的CAI4菌株中过表达这两个嵌合蛋白，观察它们对菌丝发育的影响。结果表明，Sfl2嵌合了Sfl1的HSF结构域(Sfl2-1，核苷酸序列见SEQ ID NO：3，氨基酸序列见SEQ ID NO：4)以后，就不再激活菌丝生长，而是抑制菌丝生长，而Sfl1嵌合了Sfl2的HSF结构域(Sfl1-2，核苷酸序列见SEQ ID NO：5，氨基酸序列见SEQ ID NO：6)以后，功能也反过来了，呈激活作用。在酵母培养条件下(30℃的YPD平板)，过表达Sfl2激活菌丝生长，而过表达Sfl2-1嵌合体则不会激活菌丝生长，与Sfl1的表型相似；过表达Sfl1-2嵌合体则激活菌丝生长，与Sfl2的表型相似(图6B)。在菌丝诱导条件下(37℃的血清平板)，过表达Sfl1抑制菌丝形成，过表达Sfl1-2嵌合体不会抑制菌丝形成，反倒激活菌丝生长，与Sfl2的表型相似；相反，过表达Sfl2-1嵌合体抑制了菌丝形成，与Sfl1的表型相似(图6C)。

上文以具体实施例的方式对本发明进行了详细的描述。应理解，本发明并不限于这些具体实施例。在不偏离本发明精神和范围的情况下，可对本发明做出各种变动和修改。这些变动和修改都在本发明的保护范围之内。