一种基于角度特征的短时序基因表达数据聚类方法

摘要

一种基于角度特征的短时序基因表达数据聚类方法，包括以下步骤：步骤1，计算角度特征；步骤2，用Affinity Propagation聚类算法聚类；步骤3，获得功能显著的类；把基因表达变化趋势相似的基因聚为一类，同属于一类的基因有功能相似的趋势；对于每一个基因，相邻时间点的基因表达的变化可以计算出角度特征，反映基因表达的局部变化趋势；对于每个时间点，用换算后的角度间接反映整体的表达水平情况；以这些角度为特征，皮尔森相关系数作为相似性测度，相关系数越大，表示两个基因的表达谱越相似；然后用Affinity Propagation聚类算法聚类；具有聚类结果更能反映基因功能、聚类结果做功能富集分析的p值更小的特点。