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声明
第一章绪论
1.1生物信息学简介
1.1.1生物信息学的起源
1.1.2生物信息学的定义和目标
1.2基因芯片技术简介
1.2.1基因芯片技术的产生和原理
1.2.2基因芯片技术的研究现状
1.2.3基因芯片技术的意义
1.3本文的主要工作及结构安排
第二章基因表达数据分析与常用聚类方法
2.1引言
2.2基因表达数据分析
2.2.1基因表达数据的获得和表示
2.2.2基因表达数据的预处理
2.3聚类分析
2.3.1聚类分析的定义和分类
2.3.2相似性度量
2.3.3基因表达数据聚类分析的意义
2.4几种常用的聚类算法
2.4.1层次聚类算法
2.4.2 K-均值聚类算法
2.4.3自组织映射聚类算法
2.5基因表达数据集
2.5.1鼠中央神经系统发育数据集
2.5.2酵母GAL数据集
2.5.3酵母细胞周期数据集
第三章基于群智能的基因表达数据聚类算法
3.1引言
3.2基因表达数据聚类分析的研究进展
3.2.1基于基因的聚类方法
3.2.2基于样本的聚类方法
3.2.3两路聚类方法
3.2.4小结
3.3遗传K-均值基因表达数据聚类算法
3.3.1算法介绍
3.3.2实验结果与分析
3.4基于QPSO的基因表达数据聚类算法
3.4.1 QPSO算法
3.4.2基于OPSO的基因表达数据聚类算法
3.4.3基因表达数据集
3.4.4实验结果
3.4.5小结
3.5本章小结
第四章基因表达数据聚类算法的外部评价和参数选择
4.1引言
4.2聚类方法结果的外部评价
4.2.1 Rand指数和校正Rand指数的定义和计算
4.3四种聚类算法对相似度和数据转换方式的选择
4.3.1层次聚类对相似度和预处理方法的选择
4.3.2 K-均值聚类对相似度和预处理方法的选择
4.3.3 SOMs聚类对相似度和预处理方法的选择
4.3.4 OPSO聚类对相似度和预处理方法的选择
4.4标准化对数转换
4.5本章小结
第五章基因表达数据聚类方法的内部确认
5.1引言
5.2内部确认的定义和分类
5.3基因表达数据聚类方法的内部确认
5.3.1 FOM方法的基本思想
5.3.2 FOM与aFOM方法的定义与计算
5.3.3算法验证
5.3.4讨论
5.4本章小结
第六章总结与展望
6.1总结
6.2展望
致谢
参考文献
附录:作者在攻读硕士学位期间发表的论文