一种检测PML-RARa融合基因mRNA表达量的试剂盒

摘要

本发明涉及一种检测PML-RARa融合基因mRNA表达量的试剂盒，属于生物技术领域，所述试剂盒包括PML-RARa L融合基因体系、PML-RARa V融合基因体系和PML-RARa S融合基因体系中的至少一种体系以及内参基因ABL体系，所述体系均包括上游引物、下游引物和Taqman荧光探针。PML-RARa融合蛋白作为一种变异的维甲酸受体，相较于野生型RARa蛋白具有不同的DNA特性，是RA信号的抑制物，通过不同的途径成为内在而有效的RARa靶基因转录因子抑制物。因此，采用敏感性及特异性均较高的荧光定量PCR检测PML-RARa融合基因mRNA水平，其检测结果的特异性和敏感度均显著提高，为预测急性早幼粒细胞性白血病的预后以及化疗方案的确定提供了一种全新的快速简便的基因诊断技术。

说明书

技术领域

本发明涉及生物技术领域的荧光定量PCR技术，具体涉及一种检测PML-RARa融合基 因mRNA表达量的试剂盒。

背景技术

急性早幼粒细胞性白血病（Acute Promyelocytic Leukemia，APL）是急性髓性白血病（Acute  myeloid leukemia，AML）中的一种亚型，约占成人AML患者的10%~15%，病人常较年轻， 年龄多在30~38岁之间，10岁以下者比较罕见。据统计，国内APL发病率高于西方国家的 10%左右，占AML的18.7%，部分地区比如东北油田的发病率则高达20%~30%。因此，APL 存在年龄、种族与地域的差异。

近十余年来，由于全反式维甲酸和三氧化二砷的应用，采用双诱导治疗能够使得APL的 初期诱导缓解率达到90%以上。药物诱导治疗之后，给予短程化疗和结合以维甲酸和三氧化 二砷的药物进行维持治疗，可以使病人在2年左右的时间结束治疗并且临床治愈率高达90%。

目前，APL的病因尚不明确，但是随着分子生物学、细胞遗传学等学科的快速发展，人 们对于APL分子生物学发病机制有了比较深入的了解。超过90%的APL发病的关键机制为t （15；17）（q22；q21），导致15号染色体上PML基因和17号染色体上的RARa基因形成 PML-RARa融合基因。易位使15q22上的PML基因与17q21上的维甲酸受体α基因发生交 互性重排，分别在15号染色体上形成PML-RARa融合基因和RARa-PML融合基因。研究表 明，患者的白血病细胞均有PML-RARa融合基因的表达，仅有70%~80%的患者同时表达 PML-RARa融合基因，说明PML-RARa融合基因是致病的关键。根据PML断裂点的位置不 同，PML-RARa融合基因有三种亚型bcr1、bcr2和bcr3，分别称为长型（L型）、变异型（V 型）和短型（S型），发生的概率则依次为55%、5%和40%。PML-RARa融合蛋白作为一种 变异的维甲酸受体，相较于野生型RARa蛋白具有不同的DNA特性，是维甲酸（retinoic acid， RA）信号的抑制物，通过不同的途径称为内在而有效的RARa靶基因转录因子抑制物。

因此，当患者检测出PML-RARa融合基因突变时，可作为急性早幼粒细胞性白血病的诊 断依据，也可作为对全反式维甲酸和砷剂治疗疗效预测的分子标志。

目前可用于PML-RARa融合基因的方法有探针杂交法、基因芯片法、质谱法、基因测序 法及免疫荧光法等。探针杂交法假阳性率较高；基因芯片法成本高、制备方法繁琐；质谱法 难以在普通医疗机构开展；基因测序法虽敏感性和特异性高，但价格比较昂贵，而且操作较 繁琐，耗时较长。免疫荧光法检测PML-RARa融合基因定量表达可高通量完成临床样品检测， 且特异性和敏感性都很高，其敏感性和特异性均高于直接免疫荧光检测等方法。实时荧光定 量PCR（Polymerase Chain Reaction，聚合酶链式反应）与免疫荧光法相比具有特异性增强、 灵敏度提高和检测快速、降低了污染等特点，且目前尚未有实时荧光定量PCR方法检测 PML-RARa融合基因。

发明内容

为了解决现有技术的问题，本发明实施例提供了一种采用荧光定量PCR技术检测 PML-RARa融合基因mRNA表达量的试剂盒。所述技术方案如下：

一种检测PML-RARa融合基因mRNA表达量的试剂盒，包括检测用引物、荧光探针、cDNA 第一链合成试剂、荧光定量PCR混合液、阴性对照和阳性对照，所述检测用引物、荧光探针 包括PML-RARaL融合基因引物、PML-RARaV融合基因引物和PML-RARa S融合基因引物 中的至少一种和内参基因ABL引物及Taqman荧光探针，其中：

PML-RARa L融合基因上游引物序列如序列表中SEQ ID NO:1所示；

PML-RARa L融合基因下游引物序列如序列表中SEQ ID NO:2所示；

PML-RARa L融合基因Taqman荧光探针如序列表中SEQ ID NO:3所示；

PML-RARa V融合基因上游引物序列如序列表中SEQ ID NO:4所示；

PML-RARa V融合基因下游引物序列如序列表中SEQ ID NO:5所示；

PML-RARa V融合基因Taqman荧光探针如序列表中SEQ ID NO:6所示；

PML-RARa S融合基因上游引物序列如序列表中SEQ ID NO:7所示；

PML-RARa S融合基因下游引物序列如序列表中SEQ ID NO:8所示；

PML-RARa S融合基因Taqman荧光探针如序列表中SEQ ID NO:9所示；

ABL基因上游引物序列如序列表中SEQ ID NO:10所示；

ABL基因下游引物序列如序列表中SEQ ID NO:11所示；

ABL基因Taqman荧光探针如序列表中SEQ ID NO:12所示；

所述cDNA第一链合成试剂含有MgC1₂、逆转录酶缓冲液、dNTPs、RNA酶抑制剂、 Oligo(dT)₁₅、AMV逆转录酶和无RNase去离子水；所述荧光定量PCR混合液含有PCR预混 合液、Mg²⁺、dNTPs、dUTP、Taq酶、UNG酶和无RNase去离子水。

进一步地，所述试剂盒还包括内部阳性控制序列、内部阳性控制序列的引物和Taqman 荧光探针，其中：内部阳性控制序列如序列表中SEQ ID NO:13所示；内部阳性控制序列的 上游引物如序列表中SEQ ID NO:14所示；内部阳性控制序列的下游引物如序列表中SEQ ID  NO:15所示；内部阳性控制序列Taqman荧光探针如序列表中SEQ ID NO:16所示。

进一步地，所述PML-RARa L融合基因Taqman荧光探针、PML-RARa V融合基因Taqman 荧光探针、PML-RARa S融合基因Taqman荧光探针和ABL基因的Taqman荧光探针的5’端 连接有荧光报告基团FAM，3’端均连接有荧光淬灭基团TAMRA；所述内部阳性控制序列的 Taqman荧光探针的5’端连接有荧光报告基团TET，3’端连接有荧光淬灭基团TAMRA。

具体地，所述内参基因ABL的核酸序列如序列表中SEQ ID NO:17所示。

具体地，所述阴性对照为去离子水；所述阳性对照为含有PML-RARa L融合基因、 PML-RARa V融合基因和PML-RARa S融合基因的总RNA样品。

具体地，所述第一链cDNA合成试剂为：25mmol/L MgC1₂ 4μL，10×逆转录酶缓冲液2 μL，10mmol/L dNTP2μL，RNA酶抑制剂0.5μL，Oligo(dT)₁₅ 0.5ug，AMV逆转录酶1.5U 和无RNase去离子水，总体积11μL。

具体地，所述荧光定量PCR的混合液（以反应体系终浓度表示）为：1×的PCR预混合 液（原液为2×PCR Premix）、2.5-4.0mM的Mg²⁺、0.2-0.4mM的dNTPs、0.3-0.6mM的dUTP、 0.2U/μL的Taq酶和0.01-0.05U/μL的UNG酶以及无RNase去离子水。

本发明试剂盒的优点和效果如下：

（1）敏感性高：可重复敏感度为0.01%，即10000个细胞中有一个含PML-RARa融合 基因就可以被检测出。

（2）特异性强：使用特异性探针对定量分子进行识别，准确性高。同时，靶序列由引物 和探针双重控制，特异性好、假阳性低。

（3）简便安全：操作简单、安全、自动化程度高而且防止污染。扩增和检测可以在同一 管内检测，不需要开盖，不易被污染；同时扩增和检测一步完成，不需要后期处理，无需要 担心放射性污染。

（4）全程监控：本发明实施例提供的试剂盒引入了内部阳性控制质量控制体系，对检测 过程进行全程质量监控，有效避免假阳性或者假阴性。

（5）快速：速度快、高通量，可在3-4小时完成。

本发明的试剂盒能快速、准确、定量检测PML-RARa融合基因mRNA水平，有效杜绝 了假阳性和假阴性的发生，用于急性早幼粒细胞性白血病的诊断及治疗过程中微小残留病的 监测，为急性早幼粒细胞性白血病的诊断、制定治疗方案及疗效评价和预后提供了重要的检 测手段。

附图说明

为了更清楚地说明本发明实施例中的技术方案，下面将对实施例描述中所需要使用的附 图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图仅仅是本发明的一些实施例，对于本领域 普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他的附图。

图1A是本发明实施例2提供的试剂盒的荧光实时定量PCR反应体系扩增1.0x10⁶-1.0x10³拷贝的内部阳性控制序列标准品的荧光曲线图；

图1B是由本发明实施例2提供的试剂盒的荧光实时定量PCR反应体系扩增 1.0x10⁶-1.0x10³拷贝的内部阳性控制序列标准品的荧光曲线图得到的标准曲线图；

图2A是本发明实施例2提供的试剂盒的荧光实时定量PCR反应体系扩增1.0x10⁶-1.0x10³拷贝的ABL标准品的荧光曲线图；

图2B是由本发明实施例2提供的试剂盒的荧光实时定量PCR反应体系扩增 1.0x10⁶-1.0x10³拷贝的ABL标准品荧光曲线图得到的标准曲线图。

具体实施方式

为使本发明的目的、技术方案和优点更加清楚，下面结合附图对本发明实施方式作进一 步地详细描述。

实施例1.试剂盒的制备

1、特异性的引物和荧光探针的设计

根据基因序列（ABL基因序列、PML基因序列和RARa基因序列来源于美国国家生物技 术信息中心核酸数据库，其中ABL基因ID分别为25，参考序列号为NM_005157.4；PML基 因ID分别为5371，参考序列号为NG_029036.1；RARa基因ID分别为5914，参考序列号为 NG_027701.1）分别设计对上述各基因序列特异的引物和荧光探针。

2、按照下列试剂盒的组成配制试剂盒的各组分

本发明试剂盒组成如下：

①RNA提取试剂：Trizol试剂（Invitrogen公司，产品货号：15596-026/100ml），每1ml 骨髓组织加入1mlTrizol快速提取急性早幼粒细胞性白血病患者骨髓组织RNA。

②cDNA第一链合成试剂盒（RTPCR）（Fermentas公司，产品货号：K1622）：25mmol/L  MgCl₂ 4μL，10×逆转录酶缓冲液2μL，10mmol/L dNTP2μL，RNA酶抑制剂（RNasin， 一种酸性糖蛋白）0.5μL，Oligo(dT)₁₅ 0.5μg，AMV逆转录酶1.5U和无RNase去离子水。

③引物、探针和标准品：包括PML-RARa融合基因引物、内部阳性控制序列、内部阳性 控制序列引物、内参基因ABL引物以及与引物对应的Taqman荧光探针，具体如下：

PML-RARa L融合基因上游引物序列：5’-TCTTCCTGCCCAACAGCAA-3’（序列表中 序列1）；

PML-RARa L融合基因下游引物序列：5’-GCTGGGCACTATCTCTTCAGAAC-3’（序列 表中序列2）；

PML-RARa L融合基因Taqman荧光探针：FAM5’-CAGCCATGAGACCCA-3’TAMRA （序列表中序列3）；

PML-RARa V融合基因上游引物序列：5’-GGACCTCAGCTCTTGCATCAC-3’（序列表 中序列4）；

PML-RARaV融合基因下游引物序列：5’-GCTGGGCACTATCTCTTCAGAAC-3’（序列 表中序列5）；

PML-RARa V融合基因Taqman荧光探针：FAM5’-AAGCCATTGAGACCCAG-3’TAMR A（序列表中序列6）；

PML-RARa S融合基因上游引物序列：5’-GAAGGTCATCAAGATGGAGTCTGA-3’（序 列表中序列7）；

PML-RARa S融合基因下游引物序列：5’-TGCTGCTCTGGGTCTCAATG-3’（序列表中 序列8）；

PML-RARa S融合基因Taqman荧光探针：FAM5’-AAGGAGGCAAGGTTGG-3’TAMRA （序列表中序列9）；

内部阳性控制序列为：5’-UCUUCCUGCCGAACAGCUACCACGUGGCCAGUGGCGCC GGGGAGGCAGCGAUUCAGACCCAGAGCAGCACUUGUGAAGAGAUAGUGCCCAGC-3’ （序列表中序列13）；

内部阳性控制序列上游引物序列为：5’-TCTTCCTGCCGAACAGCTA-3’（序列表中序列 14）；

内部阳性控制序列下游引物序列为：5’-GCTGGGCACTATCTCTTCACAAG-3’（序列表 中序列15）；

内部阳性控制序列Taqman荧光探针：TET5’-CAGCGATTCAGACCCA-3’TAMRA（序 列表中序列16）。

ABL基因序列为：5’-CAGGGTCTGAGTGAAGCCGCTCGTTGGAACTCCAAGGAAAA CCTTCTCGCTGGACCCAGTGAAAATGACCCCAACCTTTTCGTTGCACTGTATGATTTTGT GGCCAGTGGAGATAACACTCTAAGCATAACTAAAGGTGAAAAGCTCCGGGTCTTAGGCT ATAATCACAATGGGGAATGGTGTGAAGCCCAAACCAAAAATGGCCAAGGCTGGGTCCC AAGCAACTACATCACGCCAGTCAACAGTCTGGAGAAACACTCCTGGTACCATGGGCCTG TGTCCCGCAATGCCGCTGAGTATCTGCTGAGCAGCGGGATCAATGGCAGCTTCTTGGTG CGTGAGAGTGAGAGCAGTCCTGGC-3’（序列表中序列17）；

ABL基因上游引物序列为：5’-CCGGGTCTTAGGCTATAATCACA-3’（序列表中序列 10）；

ABL基因下游引物序列为：5’-GCCTTGGCCATTTTTGGTT-3’（序列表中序列11）；

ABL基因Taqman荧光探针：FAM5’-TGGTGTGAAGCCC-3’TAMRA（序列表中序列 12）；

其中，内部阳性控制序列为人工合成序列，包含一部分已知的PML-RARa融合基因序列 和一部分人工合成序列；内部阳性控制序列和ABL基因序列分别用作标准品。

上述引物序列、控制序列、基因序列和Taqman荧光探针序列由上海生工生物工程技术 服务有限公司合成。

④阴性对照和阳性对照：以去离子水为阴性对照，以含有PML-RARa融合基因总RNA 样品为阳性对照，采用上述实施例1中提供的本发明试剂盒组成①RNA提取试剂：Trizol试 剂（Invitrogen公司，产品货号：15596-026/100ml），按每1ml骨髓组织加入1ml Trizol试剂 的比例，快速提取已经确诊的含有PML-RARa融合基因的急性早幼粒细胞性白血病患者的骨 髓组织RNA，作为阳性对照。

⑤PML-RARa L融合基因荧光定量PCR反应液：由荧光定量PCR混合液和检测MPL基 因W515L位点突变特异性的引物、探针组成：1×的PCR预混合液（Qiagen公司，产品货号： 210212，2×PCR Premix）、2.5-4.0mM的Mg²⁺、0.2-0.4mM的dNTPs和0.3-0.6mM的dUTP、 0.2U/μL的Taq酶和0.01-0.05U/μL的UNG酶、0.25pmol/μL的PML-RARa L融合基因上游 引物（序列表中序列1）、0.25pmol/μL的PML-RARa L融合基因下游引物（序列表中序列2）、 0.3pmol/μL的PML-RARa L融合基因Taqman荧光探针（序列表中序列3）、0.25pmol/μL 的内部阳性控制序列上游引物（序列表中序列14）、0.25pmol/μL的内部阳性控制序列下游 引物（序列表中序列15）、0.3pmol/μL的内部阳性控制序列Taqman荧光探针（序列表中序 列16）（以上所有的浓度都是指PCR反应体系的终浓度）。通常取1-2μL的模板（包括被测 样品RNA反转录合成的cDNA和内部阳性控制序列RNA反转录合成的cDNA），其余为无 RNase去离子水，反应总体积通常为20μL。

⑥PML-RARa V融合基因荧光定量PCR反应液：由荧光定量PCR混合液和检测MPL基 因W515L位点突变特异性的引物、探针组成：1×的PCR预混合液（Qiagen公司，产品货号： 210212，2×PCR Premix）、2.5-4.0mM的Mg²⁺、0.2-0.4mM的dNTPs和0.3-0.6mM的dUTP、 0.2U/μL的Taq酶和0.01-0.05U/μL的UNG酶、0.25pmol/μL的PML-RARa V融合基因上游 引物（序列表中序列4）、0.25pmol/μL的PML-RARaV融合基因下游引物（序列表中序列5）、 0.3pmol/μL的PML-RARa V融合基因Taqman荧光探针（序列表中序列6）、0.25pmol/μL 的内部阳性控制序列上游引物（序列表中序列14）、0.25pmol/μL的内部阳性控制序列下游 引物（序列表中序列15）、0.3pmol/μL的内部阳性控制序列Taqman荧光探针（序列表中序 列16）、0.3pmol/μL的内部阳性控制序列Taqman荧光探针（序列表中序列13）（以上所有的 浓度都是指PCR反应体系的终浓度）。通常取1-2μL的模板（包括被测样品RNA反转录合 成的cDNA和内部阳性控制序列RNA反转录合成的cDNA），其余为无RNase去离子水，反 应总体积通常为20μL。

⑦PML-RARa S融合基因荧光定量PCR反应液：由荧光定量PCR混合液和检测MPL基 因W515L位点突变特异性的引物、探针组成：1×的PCR预混合液（Qiagen公司，产品货号： 210212，2×PCR Premix）、2.5-4.0mM的Mg²⁺、0.2-0.4mM的dNTPs和0.3-0.6mM的dUTP、 0.2U/μL的Taq酶和0.01-0.05U/μL的UNG酶、0.25pmol/μL的PML-RARa S融合基因上游 引物（序列表中序列7）、0.25pmol/μL的PML-RARa S融合基因下游引物（序列表中序列8）、 0.3pmol/μL的PML-RARa S融合基因Taqman荧光探针（序列表中序列9）、0.25pmol/μL的 内部阳性控制序列上游引物（序列表中序列14）、0.25pmol/μL的内部阳性控制序列下游引 物（序列表中序列15）、0.3pmol/μL的内部阳性控制序列Taqman荧光探针（序列表中序列 16）（以上所有的浓度都是指PCR反应体系的终浓度）。通常取1-2μL的模板（包括被测样 品RNA反转录合成的cDNA和内部阳性控制序列RNA反转录合成的cDNA），其余为无RNase 去离子水，反应总体积通常为20μL。

⑧ABL内参基因荧光定量PCR反应液：由荧光定量PCR混合液和检测ABL内参基因的 引物、探针组成：1×的PCR预混合液（Qiagen公司，产品货号：210212，2×PCR Premix）、 2.5-4.0mM的Mg²⁺、0.2-0.4mM的dNTPs、0.3-0.6mM的dUTP、0.2U/μL的Taq酶和0.01-0.05 U/μL的UNG酶、0.25pmol/μL的ABL内参基因上游引物（序列表中序列10）、0.25pmol/ μL的ABL内参基因下游引物（序列表中序列11）、0.3pmol/μL的ABL基因Taqman荧光 探针（序列表中序列12）（以上所有的浓度都是指PCR反应体系的终浓度）。检测时，加入 ABL基因标准品模板2μL，反应总体积通常为20μL。

⑨内部阳性控制序列荧光定量PCR反应液：由荧光定量PCR混合液和检测内部阳性控 制序列的引物、探针组成：1×的PCR预混合液（Qiagen公司，产品货号：210212，2×PCR  Premix）、2.5-4.0mM的Mg²⁺、0.2-0.4mM的dNTPs和0.3-0.6mM的dUTP、0.2U/μL的Taq 酶和0.01-0.05U/μL的UNG酶、0.25pmol/μL的内部阳性控制序列上游引物（序列表中序列 11）、0.25pmol/μL的内部阳性控制序列下游引物（序列表中序列12）、0.3pmol/μL的内部阳 性控制序列Taqman荧光探针（序列表中序列13）（以上所有的浓度都是指PCR反应体系的 终浓度）。检测时，通常取1-2μL的模板（内部阳性控制序列RNA反转录合成的cDNA），其 余为无RNase去离子水，反应总体积通常为20μL。

3、PCR扩增程序的设定：在lightcycler仪器上先经过50℃10s，95℃10min，然后再经过 95℃15s，60℃1min，共40个循环。

实施例2.用实施例1制备的试剂盒检测PML-RARa融合基因mRNA的表达量

以检测30例急性早幼粒细胞性白血病骨髓组织标本结果为例，其中，患者检测出 PML-RARa融合基因形式包括PML-RARa L融合基因、PML-RARa V融合基因和PML-RARa  S融合基因。用本发明的试剂盒检测PML-RARa融合基因mRNA表达量的检测流程为：首 先根据基因序列设计特异性的引物和荧光探针。其次获取临床急性早幼粒细胞性白血病患者 骨髓组织样本，快速提取组织RNA，进行逆转录PCR合成cDNA第一链；先配制ABL内参 基因和内部阳性控制序列的荧光定量PCR反应液，将内部阳性控制序列标准品和ABL标准 品分别稀释至拷贝数/mL为1.0x10³、1.0x10⁴、1.0x10⁵和1.0x10⁶，分别制作内部阳性控制序 列标准品标准曲线（如图1A和图1B所示）和ABL标准品标准曲线（如图2A和图2B所示）， 然后再配制PML-RARa融合基因PCR反应液进行荧光定量PCR检测样品，在荧光定量PCR 仪数据分析系统中读出CT值结果。PCR扩增结束后，首先分析内部阳性控制序列扩增结果， 如果其Ct值小于33，提示整个检测过程有效，如果其Ct值大于35，提示检测失败，则需 要重新进行检测，如果其Ct值位于33~35之间，需要重复检测。当内部阳性控制序列Ct值 小于33时，将实时荧光定量PCR所得数据进行计算，分别计算PML-RARa融合基因及ABL 基因的Ct值，两者之差即为ΔCt值。最后，荧光定量PCR结果采用软件分析，并标化计 算样本数据。

具体步骤如下：

①急性早幼粒细胞性白血病患者骨髓组织总RNA的抽提：按RNA抽提纯化的方法抽提 急性早幼粒细胞性白血病患者骨髓组织总RNA。提取的RNA经琼脂糖凝胶电泳鉴定其完整 性，通过紫外分光光度计测定260nm与280nm光密度值计算RNA的纯度与浓度，用0.1％ DEPC处理的水调节抽提的RNA至相同浓度。

②反转录合成cDNA：取2μL上述RNA提取液，在70℃保温10min，随后加入实施例 1提供的本发明试剂盒组成②cDNA第一链合成试剂盒，即：25mmol/L MgC1₂ 4μL，10×逆转 录酶缓冲液2μL，10mmol/L dNTPs2μL，RNA酶抑制剂0.5μL，Oligo(dT)₁₅ 0.5μg和AMV逆 转录酶1.5U，补加无RNase去离子水至总体积20μL，于42℃保温15min，进行逆转录反应， 合成cDNA第一链。反应结束后，加热至99℃，5min以灭活逆转录酶，加20μL无菌水混匀 置冰箱-20℃保存。

取1μL浓度为2μg/ml内部阳性控制序列RNA（序列表中序列13），在70℃保温10min 随后加入实施例1提供的本发明试剂盒组成②cDNA第一链合成试剂盒，即：25mmol/L MgC1₂4μL，10×逆转录酶缓冲液2μL，10mmol/L dNTPs2μL，RNA酶抑制剂0.5μL，Oligo(dT)₁₅ 0.5μg 和AMV逆转录酶1.5U，补加无RNase去离子水至总体积20μL，于42℃保温15min，进行 逆转录反应，合成cDNA。反应结束后，加热至99℃，5min以灭活逆转录酶，加20μL无菌 水混匀置冰箱-20℃保存。

取1μL浓度为2μg/ml的阳性对照RNA，在70℃保温10min，随后加入实施例1提供的 本发明试剂盒组成②cDNA第一链合成试剂盒，即：25mmol/L MgC1₂ 4μL，10×逆转录酶缓 冲液2μL，10mmol/L dNTPs2μL，RNA酶抑制剂0.5μL，Oligo(dT)₁₅ 0.5μg和AMV逆转录酶 1.5U，补加无RNase去离子水至总体积20μL，于42℃保温15min，进行逆转录反应，合成 cDNA。反应结束后，加热至99℃，5min以灭活逆转录酶，加20μL无菌水混匀置冰箱-20℃ 保存。

③将内部阳性控制基因序列标准品和ABL标准品分别稀释至拷贝数/mL为1.0x10³、 1.0x10⁴、1.0x10⁵和1.0x10⁶，用实施例1提供的内部阳性控制序列和ABL内参基因的荧光定 量PCR反应液，分别制作内部阳性控制序列标准品标准曲线（如图1A和图1B所示）和ABL 标准品标准曲线（如图2A和图2B所示）。

④PML-RARa融合基因荧光定量PCR扩增：PCR反应体系为20μL：1×PCR预混合液 （Qiagen公司，产品货号：210212，2×PCR Premix）10.0μL，2.5-4.0mM的Mg²⁺、0.2-0.4mM 的dNTPs和0.3-0.6mM的dUTP、0.2U/μL的Taq酶和0.01-0.05U/μL的UNG酶，PML-RARa  L融合基因、PML-RARa V融合基因及PML-RARa S融合基因上、下游引物终浓度各 0.2μmol/L，加入相应的PML-RARa L融合基因、PML-RARa V融合基因及PML-RARa S融 合基因各Taqman荧光探针终浓度0.3μmol/L，cDNA1.0μL，同时加入内部阳性控制序列上、 下游引物终浓度各0.2μmol/L和内部阳性控制序列Taqman荧光探针终浓度0.3μmol/L，终浓 度为0.2μmol/L的内部阳性控制序列RNA反转录合成的cDNA（②中反转录合成的cDNA）， 加入超纯水至总体积20μL。在lightcycler荧光定量PCR仪上反应：扩增条件为95℃10min 预变性，然后95℃15s，60℃1min扩增40个循环，扩增过程中仪器自动收集荧光信号。

⑤ABL内参基因荧光定量PCR扩增：PCR反应体系为20μL：含2×PCR混合液（Qiagen 公司，产品货号：210212，2×PCR Premix）10.0μL，2.5-4.0mM的Mg²⁺、0.2-0.4mM的dNTPs 和0.3-0.6mM的dUTP、0.2U/μL的Taq酶和0.01-0.05U/μL的UNG酶，ABL基因引物终浓 度0.2μmol/L，探针终浓度0.2μmol/L，ABL基因cDNA1.0μL，加入无RNase去离子水补至 总体积20μL。在lightcycler荧光定量PCR仪上反应：扩增条件为95℃10min预变性，然后 95℃15s，60℃1min扩增40个循环，扩增过程中仪器自动收集荧光信号。

⑥阳性对照、阴性对照荧光定量PCR扩增：PCR反应体系为20μL：含2×PCR混合液 （Qiagen公司，产品货号：210212，2×PCR Premix）10.0μL，2.5-4.0mM的Mg²⁺、0.2-0.4mM 的dNTPs和0.3-0.6mM的dUTP、0.2U/μL的Taq酶和0.01-0.05U/μL的UNG酶，PML-RARa 融合基因引物终浓度0.2μmol/L，探针终浓度0.3μmol/L，阳性对照RNA反转录合成的cDNA 1.0μL或者阴性对照去离子水1.0μL，加入无RNase去离子水补至总体积20μL。在lightcycler 荧光定量PCR仪上反应：扩增条件为95℃10min预变性，然后95℃15s，60℃1min扩增 40个循环，扩增过程中仪器自动收集荧光信号。

⑦数据收集处理和分析：PCR扩增结束后，首先分析内部阳性控制序列扩增结果，如果 其Ct值小于33，提示整个检测过程有效，如果其Ct值大于35，则需要重新进行检测。当 内部阳性控制序列Ct值小于33时，将实时荧光定量PCR所得数据进行计算，得出PML-RARa 融合基因（PML-RARa L融合基因、PML-RARa V融合基因或PML-RARa S融合基因）相对 于ABL内参基因的相对表达量后再进行统计分析，以比值大于或等于0.0001为阳性表达， 小于0.0001为阴性表达（具体参见表1）：

表1为荧光定量PCR分析PML-RARa融合基因在急性早幼粒细胞性白血病中的表达

  样品   PML-RARa模板   ABL模板   PML-RARa/ABL   急性早幼粒细胞性白血病   19967554   200865446   0.09941   急性早幼粒细胞性白血病   44865765   330864244   0.13560   急性早幼粒细胞性白血病   28423   309977622   0.00009   急性早幼粒细胞性白血病   4144333   318654644   0.01301   急性早幼粒细胞性白血病   80434   308754678   0.00026   急性早幼粒细胞性白血病   478534   209976585   0.00228   急性早幼粒细胞性白血病   39861   339075566   0.00012   急性早幼粒细胞性白血病   24412   339976577   0.00007   急性早幼粒细胞性白血病   3097642   293332112   0.01056   急性早幼粒细胞性白血病   4505433   243222123   0.01852   急性早幼粒细胞性白血病   48134543   307643888   0.15646   急性早幼粒细胞性白血病   3075443   349976543   0.00879   急性早幼粒细胞性白血病   44975331   198002344   0.22715   急性早幼粒细胞性白血病   4974481   176643332   0.02816   急性早幼粒细胞性白血病   3765432   347775442   0.01083   急性早幼粒细胞性白血病   13223976   310089922   0.04265   急性早幼粒细胞性白血病   29865   320075566   0.00009   急性早幼粒细胞性白血病   488009   276654444   0.00176   急性早幼粒细胞性白血病   2330018   309987766   0.00752   急性早幼粒细胞性白血病   48646441   209333273   0.23239   急性早幼粒细胞性白血病   9754452   309765468   0.03149

  急性早幼粒细胞性白血病   4097669   308766221   0.01327   急性早幼粒细胞性白血病   34354   396000331   0.00009   急性早幼粒细胞性白血病   4674564   197433455   0.02368   急性早幼粒细胞性白血病   754434   287765567   0.00262   急性早幼粒细胞性白血病   474367   167754322   0.00283   急性早幼粒细胞性白血病   1339802   303655433   0.00441   急性早幼粒细胞性白血病   30764   397558543   0.00008   急性早幼粒细胞性白血病   88975446   318896650   0.27901   急性早幼粒细胞性白血病   47188660   177700123   0.26555

上述表中PML-RARa模板和ABL模板中的数值均表示荧光累计值。

试剂盒检测能力评价：

以免疫荧光法作为比较的检测方法，同时对上述30例急性早幼粒细胞性白血病患者骨髓 组织标本进行检测，比较结果显示，采用本发明本试剂盒进行检测其敏感性、特异性及灵敏 度较免疫组化法更为精确，完全符合目前临床诊疗实用要求（具体参见表2）：

表2为两种不同方法检测急性早幼粒细胞性白血病中PML-RARa融合基因表达的比较

由上表可知，通过免疫荧光法检验荧光定量法，免疫荧光法作为参照，荧光定量法和免 疫荧光法同时检测到17例高表达，而免疫荧光法检测到了2例低表达，由此得出，荧光定量 法的阳性预测值为89.5%；荧光定量法和免疫荧光法同时检测到11例低表达，均未检测检测 出低表达，由此得出，荧光定量法的阴性预测值为100%。

其中：

①特异性：84.6%；

②灵敏度：100%；

③阳性预测值：阳性预测值达到89.5%；

④阴性预测值：阴性预测值达到100%；

⑤重复性：多次重复实验结果一致；

⑥耗时：一份临床标本的检测时间约为4h，耗时短，而免疫组化法耗时约72h。

上述实验可以说明，采用敏感性及特异性均较高的荧光定量PCR检测PML-RARa融合 基因mRNA水平，其检测结果的特异性和敏感度均显著提高，采用内部阳性控制序列监控整 个检测过程，有效地保证了每次检测的质量。

本发明提供了一种能够监测整个检测过程的急性早幼粒细胞性白血病融合基因 PML-RARa实时荧光定量PCR检测试剂盒，采用人工设计与合成的内部阳性控制序列，监测 白急性早幼粒细胞性白血病融合基因PML-RARa实时荧光定量PCR检测的整个过程，能有 效地解决目前急性早幼粒细胞性白血病融合基因PML-RARa实时荧光定量PCR检测过程中 的假阳性、假阴性问题，使得检测结果更可靠，本发明实施例提供的试剂盒为急性早幼粒细 胞性白血病的基因分型及化疗和预后提供了一种全新的快速简便的基因诊断技术。

以上所述仅为本发明的较佳实施例，并不用以限制本发明，凡在本发明的精神和原则之 内，所作的任何修改、等同替换、改进等，均应包含在本发明的保护范围之内。

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