一种基于字符切片技术的含PAM结构gRNA靶向序列筛选方法及应用

摘要

本发明属于基因工程领域，尤其涉及一种基于字符切片技术的含PAM（Protospacer Adjacent Motif）结构gRNA靶向序列筛选方法及应用系统。包括以下步骤：(1)读入目标基因的脱氧核苷酸（DNA）序列文件数据；(2)交互式界面输入需要分析筛选的PAM序列；(3)解读PAM模块将指定PAM基序转换成字符列表；(4)比较子字符串模块将PAM基序转换成字符列表逐一与移动窗口序列给定位置进行比较，并判断逻辑关系。(5)全程搜索模块在给定的DNA序列及其反向互补序列中搜索满足条件的序列并存储到空列表中。(6)文件输出模块将结果以文本或电子表格形式呈现。本发明解决了现有技术无法实现对给定DNA序列中筛选含有任意PAM识别基序的gRNA靶序列的筛选问题，为下一步gRNA靶序列的评估和选择奠定技术基础。