структурно- ФУНКЦИОНАЛЬНЫЙ АНАЛИЗКОМПЛЕКСОВ МУТАНТНЫХ РНК-ЗАВИСИМЫХРНК-ПОЛИМЕРАЗ C VPg

摘要

Репликация генома вируса ящура полностью зависит от активности кодируемой вирусом РНК-зависимойРНК-полимеразы (RdRp). Четыре мутантных RdRp вируса ящура выделены из фракции частиц вируса, об-работанного рибавирином. Два мутантных фермента несли одиночные замены (L123F и Т381А) и двадвойные (Т2911/Т3811 и L123F/F244L). Мyтантные белки экспрессировали в Escherichia сои и очищали ме-талл-аффинной хроматографией. Для определения полимеразной активности использовали ЛЦР н реаль-ном времени c обратной транскриптазой в комбинации c системой РНК репликации in vitro c применени-ем геномной РНК VPg в качестве праймеров и матрицы. Мyтантный фермент L123F продемонстрировал0,6-кратное уменьшение (p < 0,001) полимеразной активности в сравнении c RdRp дикого типа, в то времякак активность L123F/F244L и Т38 IA не проявилась. Против ожидания,активностьТ2911/Т381 I возросла в0,7 раза (p < 0,001) по сравнению c диким типом. Для изучения структурно-функциональных отношенийRdRp все структуры комплексов АдАр—РНК-матрица—праймер получили гомологичным моделированиеми молекулярным докингом. Ориентацию VPg1 в комплексах RdRp-VPg1 определяли и анализировали припомощи математических методов. Показано, что ориентация VPg после связывания c полимеразой опреде-ляет каталитическую активность RdRp вируса ящура, что предлагает основу для рационального подхода ксозданию новых антивирусных препаратов.