犊牛腹泻粪便样本中纽布病毒VP1和RNA依赖性RNA聚合酶基因的序列分析

摘要

纽布病毒(Nebovirus,NeV)是国内犊牛腹泻的新发病原,其VP1蛋白含有受体结合位点和中和抗原表位,与病毒的感染和免疫密切相关,本研究旨在分析VP1基因1.2型毒株的分子特征.采用RT-PCR方法,对2019年宁夏和河南的犊牛腹泻粪便样本进行NeV检测,扩增阳性样本完整的主要衣壳蛋白(VP1)和RNA依赖性RNA聚合酶(RdRp).结果 显示,宁夏和河南地区NeV检出率分别为11.32％和8.62％.从4个样本中成功获得了1.2型毒株完整VP1和RdRp序列.4个完整VP1与GenBank中73个完整VP1的氨基酸相似性为75.4％～97.8％;与GenBank中仅有的3个1.2型VP1相比,4个毒株在P2区有1个共同的氨基酸突变,在P1区有2个共同的氨基酸突变.与国内基因1.1型、1.3型和1.4型毒株相比,在P2区分别有9、18和14个共同的氨基酸突变,在P1区分别有2个共同的氨基酸突变,在S区分别有1个共同的氨基酸突变.4个完整RdRp均为NB-like基因型,与GenBank中8个完整RdRp的核苷酸相似性为67.2％～94.8％.本文首次在我国检测到VP1基因1.2型毒株,成功获得了4条基因1.2型毒株的完整VP1和RdRp序列,为国内NeV的分子流行病学和遗传进化研究等提供了参考.