ТЕОРЕТИЧЕСКИЕ ВОЗМОЖНОСТИ И ОГРАНИЧЕНИЯ ОПРЕДЕЛЕНИЯ ПЕРВИЧНОЙ СПЕЦИФИЧНОСТИ ПРОТЕИНАЗ СТАТИСТИЧЕСКИМ АНАЛИЗОМ МАЛДИ-МАСС-СПЕКТРОВ ПРОДУКТОВ ПРОТЕОЛИЗА

摘要

Теоретически исследованы возможности и ограничения метода изучения первичной специфичности протеолитических ферментов, заключающегося в статистическом анализе масс-спектров МАЛДИ (матрично активированная лазерная десорбция-ионизация) продуктов протеолиза белковых субстратов и не требующего прямого определения аминокислотной последовательности этих продуктов. Выбраны оптимальные диапазоны задаваемыхошибок измерения масс пептидов для получения статистического набора произошедших событий и форма представления статистических данных. Показано, что предлагаемый метод может быть применен лишь для протеиназ с относительно узкой первичной специфичностью (две-три аминокислоты). На примере трипсина, хнмот-рипсина, глутамилэндопептидазы, пепсина (рН 1.3) исследовано влияние молекулярной массы и аминокислотного состава белка-субстрата на эффективность выявления специфичных для конкретной протеиназы аминокислот при статистической обработке наборамасс в масс-спектре МАЛДИ продуктов протеолиза.