Personal Genome Project Canada : résultats du séquen?age du génome entier des 56 premiers participants

摘要

CONTEXTE : Le Personal Genome Project Canada est une vaste ressource publique rassemblant des données de séquen?age du génome entier et des données sur la santé. Nous décrivons ici les variations génomiques relevées dans la cohorte initiale, formée de 56 volontaires. MéTHODES : Après la confirmation de leur admissibilité, les volontaires ont consenti en toute connaissance de cause à la libre diffusion des données. Nous avons procédé au séquen?age du génome entier sur de l’ADN prélevé dans le sang, et avons repéré toutes les catégories de variations présentes. Un conseiller en génétique a expliqué à chaque participant les résultats obtenus. RéSULTATS : Le séquen?age du génome entier des 56 premiers participants a permis d’identifier 207662805 variants (de séquence) et 27494 variations du nombre de copies d’un gène. Nous avons analysé un ensemble de données jugées prioritaires par leur association à la maladie (n = 1606 variants), selon des lignes directrices normalisées, et avons déterminé que 19 variants, observés chez 14 participants (25 %), avaient nécessairement des répercussions sur la santé. Six de ces variants (notamment des variants du gène BRCA1 et l’absence d’un chromosome X en mosa?que) étaient assurément ou vraisemblablement pathogènes. Sept étaient des facteurs de risque de cancer, d’atteintes cardiovasculaires ou de problèmes neurocomportementaux, et quatre autres, associés au cancer ou à une affection cardiaque ou neurodégénérative, avaient une signification incertaine en raison de divergences entre les bases de données. Nous avons aussi décelé une importante aberration chromosomique structurelle et un variant mitochondrial probablement pathogène. De plus, nous avons repéré 172 allèles pathologiques récessifs (p. ex., cinq personnes portaient des mutations liées à la fibrose kystique). Enfin, les analyses de pharmaco-génomique ont montré que les participants avaient en moyenne 3,9 autres gènes d’intérêt.