Analiza EST klonov krizancev Coffea arabica X Coffea canephora in Coffea canephora X Coffea congensis

摘要

EST ali oznake izrazenih zaporedij so DNA zaporedja, dolga od 100 do 800 baznih parov, pridobljena z eno reakcijo dolocanja nukleotidnega zaporedja cDNA molekulam iz 5' ali 3' smeri. Vsebujejo prepisana, ne nujno pa tudi prevedena, zaporedja genov terpogosto tudi elemente vektorjev. Predstavljajo presezen nabor izrazenih genov v nekem vzorcu in se uporabljajo za studije izrazanja genov, iskanje novih genov, raziskave alternativnega izrezovanja intronov idr. Mnogokrat predstavljajo prvo orodje funkcionalne genomike manj raziskanih organizmov. Zaradi preseznosti se jih mnogokrat zdruzuje v gruce. Najvecjo zbirko EST zaporedij vzdrzuje NCBI, imenuje se dbEST in ima vec kot 70 milijonov zaporedij. V omenjeni bazi smo poiskali klone EST dveh krizancev kave, Coffea arabica X Coffea canephora ter Coffea canephora X Coffea congensis, ter s pomocjo BLAST algoritma poiskali katere proteine kodirajo. Najdenim proteinom smo nato dolocili ontologijo.