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Flexible CRISPR library construction using parallel oligonucleotide retrieval

机译:使用平行寡核苷酸检索灵活的CRISPR图书馆施工

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摘要

CRISPR/Cas9-based gene knockout libraries have emerged as a powerful tool for functional screens. We present here a set of pre-designed human and mouse sgRNA sequences that are optimized for both high on-target potency and low off-target effect. To maximize the chance of target gene inactivation, sgRNAs were curated to target both 5' constitutive exons and exons that encode conserved protein domains. We describe here a robust and cost-effective method to constructmultiple small sized CRISPR library from a single oligo pool generated by array synthesis using parallel oligonucleotide retrieval. Together, these resources provide a convenient means for individual labs to generate customized CRISPR libraries of variable size and coverage depth for functional genomics application.
机译:基于CRISPR / CAS9的基因敲除库已经成为功能屏幕的强大工具。 我们在这里介绍一组预先设计的人和小鼠SGRNA序列,用于高靶效力和低偏移效果。 为了最大化靶基因失活的机会,将SGRNA愈合以靶向编码保守蛋白质结构域的5'本构显子和外显子。 我们在这里描述了一种强大而成本效益的方法,可以通过使用平行寡核苷酸检索由阵列合成产生的单个寡核池构建方法。 这些资源一起为各个实验室提供了一种方便的手段,为功能基因组学应用产生定制的可变尺寸和覆盖深度的定制CRISPR文库。

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