JNIを用いたHadoopによる分子進化系統樹解析用プログラムTree-Puzzle並列化

摘要

広域分散環境における大容量データ処理を効果的に行うためのプログラミングモデルを開発するためにMapReduceに着目し，進化系統樹解析用ソフトウェアTree-Puzzleの並列化を行った．従来のTree-Puzzleではユーザ指定系統樹についての解析については並列化は考慮されていない．本稿ではMapReduceの実装であるHadoopをJNIを用いてプログラミングコストを少なくする実装方法を提案し，Tree-Puzzleにおける系統樹のML解析部分に対してMapReduceを実装した．7台構成のPCクラスタ上での性能測定の結果，弱スケーリングおよび強スケーリングに対する性能では，逐次版に比し約4.5倍の性能向上を確認できた．