АНАЛИЗ НУКЛЕОТИДНОЙ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ КРИПТИЧЕСКОЙ ПЛАЗМИДЫ рТРЗЗ Yersinia pestis ИЗ ТУВИНСКОГО ПРИРОДНОГО ОЧАГА ЧУМЫ

摘要

Определена нуклеотидная последовательность криптической плазмиды рТРЗЗ из референтного штамма Y. pestis И-2638 — типичного представителя штаммов, изолируемых на территории Тувинского природного очага. Секвенирование выполняли на платформе 454 GS Junior (Roche). В процессе анализа с использованием программного пакета GS De Novo Assembler v. 2.7 (Roche) и алгоритма Newbler v. 2.7 1855 нуклеотидных ридов, содержащих суммарно 1101246 нуклеотидов, былисобраны в контиг длиной 33978 пн. GC состав полученной нуклеотидной последовательности — 50.25%. В процессе аннотации выявлены 56 открытых рамок считывания. Проведен поиск гомологов предсказанных рамок считывания по базам BLAST. Выявлены 22 рамки считывания, кодирующие белки с неустановленной функцией, 23 рамки, кодирующие фаговые белки, и 11 рамок, кодирующих белки с известной функцией, втом числе систему токсин—антитоксин YefM-YoeB, белки метаболизма полисахаридов и нуклеиновых кислот (белок синтеза экзополисахарида ExoZ, экзодезоксирибонуклеазу VIII), белки репликации (РагА). Отмечена гомология (от 45 до 75%) кодируемых криптической плазмидой белковых последовательностей с фрагментами белков фагов ряда микроорганизмов-эндосимбион-тов насекомых (Sodalis glossinidius) и эндосимбионтов энтомопатогенных нематод (Photorhabdus lu-minescens, P. asymbiotica, Xenorhabdus bovienii).