GPGPUによるマルチプルアラインメントの並列計算

摘要

マルチプルアラインメントは、バイオインフォマティックスにおける主要な情報処理の一つであり、バイオ研究の現場からはより正確な解を高速に求めることができる計算手法が要求されている。本研究では、GPGPUを用いてマルチプルアラインメント処理を高速に処理するための計算手法を検討する。本稿では、マルチプルアラインメントで広く用いられているツリーベース法の並列化を図る。計算機実験により、CPU処理と比較してかなりの高速処理が可能である事を示す。