複数のShort Readセットを活用したde Bruijnグラフに基づく二段階De Novoゲノムアセンブリ手法

摘要

本稿では、de Bruijnグラフに基づく二段階アセンブリング手法を提案する。提案手法は同一ターゲットに対して複数のShort Readセットが得られた時に、第一段階のアセンブリングでそれぞれのShort Readセットからcontigを構築し、第二段階では第一段階で得られた複数のcontigセットを入力データとみなして再度de Bruijnグラフに基づくDNAアセンブリングを行うものである。また、この手法を一般化して、第一段階で構築された各Short Readセットに対するde Bruijnグラフ、またはノード結合等のグラフ変換を行った後のグラフを統合しDNAアセンブリングを行う方法を提案する。