Verwendung der SNP-Analyse zur Charakterisierung von Phytophthora infestans-Isolaten

摘要

Using the single nucleotide polymorphism (SNP) method P. infestans could be easily characterised. P. infestans-isolates collected in the period from 2000 to 2004 did show a continuous change of the chromosomal area used for the SNP-analysis. At the end of the survey only 25 % of the isolates corresponded with the original DNA sequence (230 bp fragment). Since a non-coding DNA region was used for the SNP-analysis, genetic changes could easier be found within the surveyed period. For monitoring the genetic changes of P. infestans-isolates a host change was performed (potato-tomato respectively black nightshade). Parts of the surveyed P. infestans-isolates showed a stable SNP-frag-ment of the proper size, being independently from the host change. Theother part of the isolates did not only show visual microscopic differences in the sporangia but also in the detection of the 230 bp SNP-fragment. Since it is not plausible that in a highly variable gene a fast change via point mutation can occur that fast, it is assumed that in that case a population mixture was surveyed. Therefore, a stress in the form of a host change might favour the one or other P. infestans-isolate exhibiting a change in the SNP-fragment. When the P. infestans-isolates grown on different hosts were re-inoculated onto their potato hosts, the acquired change in the SNP-pattern was kept.%Mit der Methode des Einzel-Nukleotid-Polymorphismus (SNP) liessen sich Phytophthora infestans-Isolate erfolgreich charakterisieren. P. infestans-Isolate aus den Jahren 2000 bis 2004 zeigten eine stete Veranderung des mit der SNP-Analyse untersuchten chromosomalen Bereichs, wobei am Ende nur noch 25 % der Isolate eine Ubereinstimmung mit der sequenzierten Ausgangs-DNA hatten. Da für die SNP-Analyse ein nicht codierender Bereich der P. infestcms-DNA verwendet wurde, waren so genetische Veranderungen innerhalb der fünf Jahre auffindbar. Um die genetische Variabilitat einzelner P. infestans-lsolats naher zu untersuchen, wurden diese dem Stressfaktor Wirtswechsel (Kartoffel - Tomate bzw. Schwarzer Nachtschatten) ausgesetzt. Dabei zeigte sich bei einemTeil der untersuchten P. infestans-Isolate eine stabile SNP-Bande von 230 bp, die vom Wirtswechsel unabhangig war. Der andere Teil der Isolate unterschied sich nicht nur visuell-mikroskopisch durch verschieden grosse Sporangien, sondern auch im Nachweisder SNP-Bande. Da sich selbst in einem hoch variablen Genabschnitt eine so schnelle Veranderung in Form einer Punktmutation nicht erklaren lasst, wird deshalb angenommen, dass es sich bei den P. infestans-Isolaten um Populationsgemische handelt. Danach kann bei der Ausübung von Stressfaktoren das eine oder andere P. infestans-lsolat beim jeweiligen Wirtswechsel bevorzugt werden, was sich in einer Veranderung der SNP-Bande zeigt. Wurden die so angereicherten P. infestans-lsolate erneut auf ihre Ausgangs-Wirts-pflanze Kartoffel überimpft, wurde die beim Wirtswechsel erworbene Veranderung des SNP-Musters beibehalten.