METHODS FOR MOLECULAR SURVEILLANCE OF INFLUENZA USED IN MACEDONIA

摘要

The aim: To present and compare different Nucleic Acid Testing assays used for laboratory diagnosis of influenza virus infection in our country. Materials and methods: Respiratory samples used were nose and throat swabs. The RNA extraction was performed with a QIAamp viral RNA kit. During the season 2009-2010 the first 25 samples were tested with: conventional gel-based RT-PCR and CDC rtRT-PCR using published specific matrix and HA gene primers and probes for influenza virus typing and subtyping. Results: Of 25 samples tested with conventional RT-PCR 7(28%) were positive for influenza A, but negative for A/H1 seasonal and A/H3. Retested with rtRT-PCR 9(36%) were positive for influenza A, 8(32%) were positive for A/Hlpdm and 1(4%) was A/H3. Two samples positive with rtRT-PCR for influenza A were negative with RT-PCR. The sensitivity of the RT-PCR in comparison with rtRT-PCR is 100% and the specificity is 88.89%. Positive predictive value for RT-PCR is 77.78%, and negative predictive value is 100%. RT-PCR is a four-step and rtRT-PCR a one-step procedure. The turn-around time of RT-PCR is 6 hours and for rtRT-PCR it is 2 hours. Discussion and conclusion: For surveillance purposes nose and throat swabs are the more easy and practical to collect. It was proved that RT-PCR is too laborious, multi-step and time-consuming. The sensitivity of both assays is equal. The specificity of rtRT-PCR is higher. NAT assays for detection of influenza viruses have become an integral component of the surveillance programme in our country. They provide a fast, accurate and sensitive detection of influenza.%Цел: Да се презентираат и споредат различимте тестови за детекција на нуклеинска ки-селина што се користат во лабораториската ди-јагноза на инфлуенца вирусна инфекција во нашата земја.rnМаwерuјал u меwо∂u: Респираторни при-мероци за анализа беа брис од грло и нос. Изо-лацијата на РНК е направена со QIAamp viral RNA kit. За време на сезоната 2009-2010, првите 25 теста се тестирани со: конвенционален на база на гел RT-PCR и CDC rtRT-PCR со употреба на објавени специфични прајмери и проби за матрикс и НА гените за типизација и суптипизација на инфлуенца вирусите.rnРезултати. Од 25 примероци тестирани со конвенционален RT-PCR 7(28%) биле пози-тивни на инфлуенца А, но негативни на А/се-зонски и А/НЗ. Ретестирани со rtRT-PCR 9(36%) беа позитивни на инфлуенца А, од нив 8(32%) беа позитивни на A/Hlpdm и 1(4%) бешеА/ НЗ. Два примерока позитивни за инфлуенца А со rtRT-PCR беа негативни со RT-PCR. Сензитив-носта на RT-PCR во споредба со rtRT-PCR е 100%, а специфичноста е 88,89%. Позитивната предиктивна вредност на RT-PCR е 77,78%, а негативната предиктивна вредност е 100%. RT-PCR е процедура во четири чекори, a rtRT-PCR е во еден чекор. Времетраењето на RT-PCR е шест часа, а на rtRT-PCR е два часа.rnДискусија и заклучок: За целите на сле-дење на инфлуенца, брисевите на грло и нос се полесни и попрактични за земање. Се докажа дека RT-PCR е потежок за изведување, со многу чекори, и потребно е повеќе време. Сензитив-носта на двата теста е иста. Специфичноста на rtRT-PCR е повисока. Тестовите за детекција на нуклеинска киселина на инфлуенца вирусите станаа интегрален дел на програмата за следење во нашата земја. Тие овозможуваат брза, си-гурна и осетлива детекција на инфлуенца.