Konventionelle PCR- und Real-Time PCR- Verfahren zum Nachweis von thermophilen Campylobacter jejuni , C. coli und C. lari : ein Überblick

摘要

Eine Vielzahl von PCR-Nachweismethoden für Campylobacter jejuni und C. coli wurden bereits publiziert. Hier wird eine Zusammenfassung von aktuellen PCR-Nachweismethoden für thermophile Campylobacter spp. präsentiert, die dem Anwender exemplarisch eine schnelle tabellarische übersicht über aktuelle Methoden bietet sowie über deren Zielgene und Spezifitäten. Es wurden vier konventionelle und sieben Real-Time PCR-Methoden zur Identifizierung von Campylobacter spp. verglichen. Bei den konventionellen Methoden handelt es sich um eine auf dem 16S rRNA-Gen basierende PCR, die spezifisch mit C. jejuni, C. coli und C. lari reagiert, zwei auf dem Flagellin-Gen beruhende PCR-Typisierungsmethoden, die in modifizierter Form für C. jejuni, C. coli und zusätzlich für C. lari durchgeführt wurden. Als vierte Methode wurde eine Duplex-PCR zur Identifzierung von C. jejuni und C. coli mit einbezogen. Unter den getesteten Real-Time PCR-Methoden befanden sich drei 5´-Nuklease Assays, die spezifisch C. jejuni detektieren, zwei Assays, die auf dem Flagellin-Gen beruhen und C. jejuni und C. coli gemeinsam erfassen, eine Duplex-PCR, die C. jejuni (mapA-Gen) und C. coli (ceu-EGen) identifizieren kann und noch mit einer unveröffentlichten internen Kontrolle kombiniert wurde, sowie eine Lightcycler-Methode, die auf dem 16S rRNA-Gen basiert und C. jejuni, C. coli und C. lari gemeinsam detektiert, aber nicht differenziert. Die Methoden sind entweder unverändert aus Publikationen übernommen oder auch nach Datenbankanalysen modifziert worden. Zum Testen wurden 65 Campylobacter-Stämme aus 12 verschiedenen Spezies eingesetzt. Die Inklusivität war insgesamt bei allen Methoden sehr gut, bei der Exklusivität gab es Unsicherheiten. Real-Time PCR-Methoden, die auf dem Flagellin-Gen beruhen, können in manchen Fällen die verwandten Arten C. lari oder C. upsaliensis mit erfassen. Der enge Verwandte C. hyoilei wird in fast allen Fällen gleichzeitig mit C. coli detektiert.