タンパク質の新規サブドメインの提案: 二次構造、モジュールを超える新たな構造単位の定義に向けて

摘要

本稿では、タンパク質の階層性を解明することを目的とし、独立したパーツとして利用可能で、ドメインより細かい階層の新たな構造単位を提案する。従来、ドメインより細かい構造単位として「空間的コンパクトさ」を指標とする、モジュールが提唱されてきた。しかし、空間的コンパクトさはパーツの独立性とは直接関係ない。独立したパーツとして利用可能なパーツを探すためには、独立性と直接関係した量を指標にしなくてはならない。そこで、本研究ではポテンシャルエネルギーを指標として用い、タンパク質のサブドメインを定義し、いくつかのタンパク質で新しいサブドメインの発見を試みた。%To reveal the hierarchy of a protein structure, we propose a new structural unit that is shorter than a domain. This unit can be treated as an independent part of a protein. As a structural unit which is shorter than a domain, The concept of module has been defined as relatively compact regions of protein. However, the compactness does not relate directly to the independency of a part in a protein. We define a new structural unit adopting the free energy of a protein as index. We also show some new subdomains retrieved by own definition in some will known proteins.