GPGPUによるマルチプルアラインメントの並列計算

摘要

マルチプルアラインメントは、バイオインフォマティックスにおける主要な情報処理の一つであり、バイオ研究の現場からはより正確な解を高速に求めることができる計算手法が要求されている。本研究では、GPGPUを用いてマルチプルアラインメント処理を高速に処理するための計算手法を検討する。本稿では、マルチプルアラインメントで広く用いられているツリーベース法の並列化を図る。計算機実験により、CPU処理と比較してかなりの高速処理が可能である事を示す。%The multiple sequence alignment is an essential analysis since it is used to detect homology between new sequences and existing sequences. Researchers in biology require more efficient methods to compute the multiple alignment for increasing large size of sequences. In this research, we investigate parallel algorithms on GPGPU platforms for the multiple alignment problems. We present in this paper a parallel tree-base method on GPGPU. Experimental evaluation shows that the parallel alignment on GPGPU computes more efficiently than CPU-based approaches.