Uso de las Propiedades Fisicoquímicas de Oligonucleótidos como Biomarcadores

摘要

Marcadores biológicos (biomarcadores) son complejos moleculares que pueden estar presentes en fósiles, procedentes de biomoléculas de los organismos vivos. Debido a sus características generales son resistentes a la intemperie, la biodegradación, la evaporación y otros procesos biológicos, siendo comúnmente conservados en las rocas y pueden ser utilizados por geólogos, geoquímicos, arqueólogos, etc. para obtener información sobre la materia orgánica en las rocas fuente, la presencia de petróleo, las condiciones ambientales durante su sedimentación (diagénesis), la madurez térmica experimentada por el petróleo y/o roca (catagénesis), el grado de biodegradación, algunos aspectos de la mineralogía de la roca fuente (litología), la edad de los fósiles y en caracterización de DNA (Acido Desoxirribonucleico). Los biomarcadores pueden ser oligonucleótidos, que son fragmentos de moléculas de DNA de cadena sencilla de determinada longitud. El DNA de fósiles puede formar enlaces cruzados entre si o con otras moléculas al paso del tiempo, dificultando el uso de técnicas como el PCR para su estudio, por ello, en el presente trabajo se aplicó a los oligonucleótidos la técnica de determinación de los valores de pKa (potencial de la constante de ionización), mediante espectrofotometría de luz ultravioleta en el intervalo básico de pH, usando como oligonucleótido modelo el d-AAAGAAA en solución acuosa de NaCl, titulándolo con solución de NaOH. Lo anterior también se realizo en presencia de una solución amortiguadora de pH (NaHCO3). Además se determinaron valores de pKa para el mismo compuesto a diferentes condiciones de temperatura, sales y mezclas de alcohol-agua como solvente. También se determinaron valores de pKa a los oligonucleótidos d-CCCGCCC y d-AAGAA. Los valores de pKa obtenidos varían entre 9 y 12. Estos resultados obtenidos son un aporte al conocimiento de las propiedades físicas de los oligonucleótidos, estos datos pueden ser especialmente útiles en el mencionado caso de dificultad para el uso de otras técnicas como el PCR para la caracterización e interpretación de los oligonucleótidos como biomarcadores.