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Three-dimensional simulation of ice growth in the presence of antifreeze proteins

机译:抗冻蛋白存在下冰生长的三维模拟

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摘要

A Monte Carlo computational method for simulating the growth of entire ice crystals from the liquid phase has been developed specifically to study the inhibition of ice-crystal growth by antifreeze proteins (AFPs). AFPs are found in the fluids of certain organisms that inhabit freezing environments and constrain ice-crystal growth by adsorbtion to the ice surface, but their inhibition mechanism is still poorly understood. Thus, it was of interest to incorporate these molecules into the dynamic ice simulations to examine the inhibition phenomenon on a whole-crystal basis. We have undertaken simulations with AFPs from two different organisms that differ in activity; the insect AFP has up to 100 times the activity of the fish AFP on a molar basis. Simulations involving insect and fish AFPs have achieved ice-growth inhibition at simulation temperatures within reported activity ranges for both fish and insect AFPs, accompanied by resulting ice morphologies similar to those observed experimentally. These results, as well as other studies on ice-etching patterns and ice burst growth at temperatures below known AFP ice-growth inhibition abilities suggest that AFP activity is dominated by the AFP ice-binding position rather than AFP ice-binding strength. PACS No.: 07.05TDans le cadre de la méthode Monte-Carlo nous simulons la croissance de cristaux entiers de glace à partir de la phase liquide, afin d'étudier l'inhibition de la croissance de cristaux de glace par des protéines d'antigel (AFP). On retrouve des AFP dans le fluide de certains organismes qui habitent ces environnements de gel qui contraignent la croissance des cristaux de glace par adsorption à la surface de la glace, mais le mécanisme d'inhibition est mal connu. Il était donc intéressant d'incorporer ces molécules dans la simulation dynamique de la glace, de façon à examiner le phénomène d'inhibition sur un cristal complet. Nous avons entrepris des simulations avec des AFP de deux types d'organismes différents qui diffèrent en activité : sur une base molaire, les AFP des insectes sont 100 fois plus actifs que ceux des poissons. Nos simulations impliquant des AFP d'insectes et de poissons ont réussi à reproduire les inhibitions aux températures étudiées à l'intérieur des domaines d'activité pour les AFP des insectes et des poissons, ainsi que des morphologies de glace similaires à celles observées expérimentalement. Ces résultats, avec d'autres études portant sur les patrons de décapage de la glace et sur des croissances explosives à des températures sous les températures d'inhibition par AFP, suggèrent que l'activité des AFP est dominée par la position du lien AFP-glace plutôt que par la force de ce lien. [Traduit par la rédaction]
机译:专门开发了一种从液相模拟整个冰晶生长的蒙特卡洛计算方法,以研究抗冻蛋白(AFP)对冰晶生长的抑制作用。在某些居住在冰冻环境中并通过吸附在冰表面上限制冰晶生长的生物体的流体中发现了AFP,但对它们的抑制机理仍知之甚少。因此,将这些分子结合到动态冰模拟中以检查全晶体为基础的抑制现象是令人感兴趣的。我们已经使用来自两种不同生物的,具有不同活性的AFP进行了模拟。按摩尔计算,昆虫AFP的活性高达鱼类AFP的100倍。涉及昆虫和鱼类AFP的模拟已在鱼类和昆虫AFP报道的活动范围内的模拟温度下实现了冰的生长抑制,并伴有与实验观察到的相似的冰形态。这些结果以及在低于已知的AFP冰生长抑制能力的温度下进行的冰蚀刻模式和冰破裂生长的其他研究表明,AFP活性主要由AFP的冰结合位置而不是AFP的冰结合强度决定。 PACS编号:07.05TD蒙特卡洛法学院的干部法术和部分相溶的新月形面包,法国国立法学院的反制法学(法新社)。追溯到法新社确定的生物体环境,从表面上对表面的抗粘连性,微生物学和微生物学的认识都得到了明确的证明。丹尼斯·法尔科斯分子模拟研究所,从根本上抑制了Phphnoméned的研究者。示范企业在不同活动类型上的反应:在基础上的莫莱尔地区,从第100个昆虫基地到第二个活动地点都在法国。没有任何模拟可以隐含地证明法新社和法国研究人员对复制品的抑制作用,而对昆虫活动和研究中的法新社则视而不见。法新社,法新社和法新社官方网站法新社报道,法新社,法新社和法新社报道,法新社和法新社的爆炸物GlacePlutôtque par la force de ce lien。 [Traduit par la redaction]

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