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Rapid Creation of Forward-Genetics Tools for C. briggsae Using TALENs: Lessons for Nonmodel Organisms

机译:使用TALENs快速创建C. briggsae的前基因工具:非模型生物的经验教训

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摘要

Although evolutionary studies of gene function often rely on RNA interference, the ideal approach would use reverse genetics to create null mutations for cross-species comparisons and forward genetics to identify novel genes in each species. We have used transcription activator-like effector nucleases (TALENs) to facilitate both approaches in Caenorhabditis nematodes. First, by combining golden gate cloning and TALEN technology, we can induce frameshifting mutations in any gene. Second, by combining this approach with bioinformatics we can predict and create the resources needed for forward genetic analysis in species like Caenorhabditis briggsae. Although developing genetic model organisms used to require years to isolate marker mutations, balancers, and tools, with TALENs, these reagents can now be produced in months. Furthermore, the analysis of nonsense mutants in related model organisms allows a directed approach for making these markers and tools. When used together, these methods could simplify the adaptation of other organisms for forward and reverse genetics.
机译:尽管基因功能的进化研究通常依赖于RNA干扰,但是理想的方法是使用反向遗传学来创建无效突变以进行跨物种比较,并使用正向遗传学来识别每个物种中的新基因。我们已经使用转录激活因子样效应子核酸酶(TALENs)来促进线虫秀丽隐杆线虫的两种方法。首先,通过结合金门克隆和TALEN技术,我们可以在任何基因中诱导移码突变。其次,通过将这种方法与生物信息学相结合,我们可以预测并创建在诸如Caenorhabditis briggsae的物种中进行正向遗传分析所需的资源。尽管过去用TALEN来分离基因突变,平衡子和工具的基因模型生物的开发需要数年时间,但这些试剂现在可以在几个月内生产出来。此外,相关模型生物中无意义突变体的分析为制备这些标记和工具提供了一种直接方法。当一起使用时,这些方法可以简化其他生物对正向和反向遗传学的适应。

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