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The aquatic animals’ transcriptome resource for comparative functional analysis

机译:用于比较功能分析的水生动物的转录组资源

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摘要

BackgroundAquatic animals have great economic and ecological importance. Among them, non-model organisms have been studied regarding eco-toxicity, stress biology, and environmental adaptation. Due to recent advances in next-generation sequencing techniques, large amounts of RNA-seq data for aquatic animals are publicly available. However, currently there is no comprehensive resource exist for the analysis, unification, and integration of these datasets. This study utilizes computational approaches to build a new resource of transcriptomic maps for aquatic animals. This aquatic animal transcriptome map database dbATM provides de novo assembly of transcriptome, gene annotation and comparative analysis of more than twenty aquatic organisms without draft genome.
机译:背景技术水生动物具有重要的经济和生态意义。其中,已经对非模式生物进行了生态毒性,胁迫生物学和环境适应方面的研究。由于下一代测序技术的最新进展,公开了有关水生动物的大量RNA-seq数据。但是,目前尚不存在用于分析,统一和集成这些数据集的全面资源。这项研究利用计算方法来为水生动物建立转录组图的新资源。这个水生动物转录组图谱数据库dbATM提供了转录组的从头组装,基因注释和对超过20种没有基因组草图的水生生物的比较分析。

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