鲫鱼GABAARβ3亚基生物信息学分析与同源建模

摘要

A型γ-氨基丁酸(aminobutyric acid,GABA)是一类配体门控离子通道型受体,亦为脊椎动物和非脊椎动物的中枢神经系统内最主要的抑制性神经递质GABA的受体,其离子通道上存在氟虫腈等杀虫剂的作用靶点,是医药和农药工作者研究的重点.通过RACE-PCR技术成功获取新基因鲫鱼GABAARβ3的全长(GenBank登录号:KC964110).序列分析显示该基因核苷酸序列共2 767 bp,含有1个由502个氨基酸残基组成的开放阅读框,编码蛋白分子量约为56 KD.报道了该基因的生物信息学分析和三维结构模拟及其与氟虫腈作用情况,BLAST结果表明,氨基酸序列与其他已知GABAARβ3基因家族成员间序列相似性介于76％～89％之间,并与其他亚族蛋白基因存在很高的同源性.以线虫体内对阿维菌素敏感的谷氨酸门控氯离子通道受体蛋白的α亚基(PDB ID:3RHW)作为模板,用DS(Discovery Studio)模拟鲫鱼GABAAβ3亚基的同源五聚体结构,优化结构模型,与农药配体分子做分子对接,计算作用模式和结合能力.研究鱼类GABAAR亚基与农药分子的作用.