如何解决从第三方取得增值税专用发票抵扣进项税额的问题

摘要

问：2014年3月,“营改增”试点企业D公司,委托个人运输货物后取得第三方Z公司开具的增值税专用发票,抵扣了进项税额.被国税稽查局责成补交各项税费56.67余万元,并加收滞纳金,处一倍罚款.请问,怎样才能做到票流、货流、资金流三者相符,不致发生税务风险？