茄子枯萎病菌致病效应因子的预测分析

摘要

[目的]本研究为了获得由尖孢镰刀菌引起的茄子枯萎病菌的致病相关效应蛋白.[方法]通过生物信息学的方法进行预测分析,包括SignalP、TMHMM、TargetP、ProtComp、与Pathogen-Host Interaction(PHI)数据库进行比对分析等方法.[结果]从茄子枯萎病菌Fomg14004全基因组16 485个蛋白质序列中,经SignalP v4.1分析后得到1601个具有信号肽的蛋白序列;然后经过TM-HMM v2.0分析得到1481个跨膜数小于2的蛋白序列;1481个具有信号肽的蛋白经过TargetP v1.1分析得到1449个定位为S的蛋白序列;最后经过ProtComp v9.0分析,得到1376个蛋白质定位于细胞质中的分泌蛋白序列.1376个蛋白中,富含cysteine(大于或等于6)的蛋白序列共733个,其中219个蛋白序列的multiple tandem repeats大于或等于9.将219个蛋白序列和PHI数据库进行比对筛选,并挑取小于300个氨基酸的蛋白序列,共筛选到29个致病相关候选效应因子.[结论]本研究最终从16485个蛋白序列中筛选得到29个候选致病效应因子.为进一步研究该病菌的效应因子致病功能提供基础,也为其他病原菌效应因子的预测分析提供方法参考.